企业自主创新是党的十六届五中全会和“十一五”规划《纲要》所提出的重大战略要求,政府支持以及自主创新的成功案例使得自主创新成为热门话题,但是在自主创新过程中存在很多的不确定性以及风险性,为防止企业盲目创新,更好的规避创新过程中的风险性,有必要深入研究自主创新过程中的风险性及其风险评价。本文的研究目的在于针对我国企业自主创新现状,建立自主创新的风险指标体系,对创新项目进行风险评价,旨在增强企业自主创新能力,更好地帮助企业进行风险管理,推进我国以企业为主体的自主创新体系的建立和完善。首先,本文探讨了研究的目的、意义和论文的整体框架,全面分析了企业在自主创新过程中所涉及的风险因素,从系统风险和非系统风险两大部分着手,涉及社会风险、环境风险以及技术风险、生产风险、管理风险、财务风险、市场风险七个风险影响因素,对7个一级指标进行细分,得到52个二级指标,建立自主创新风险评价指标体系,为风险评价奠定理论研究基础。其次通过模糊变换,构造能进行模糊量化分析的企业自主创新多级评价模型。结合某企业具体的创新项目,通过对指标定性和定量的分析,运用模糊综合评价模型进行分析,得出各风险指标对创新项目的影响程度,以及创新项目的风险程度,在此基础上,针对风险值较高的指标提出具体的改善建议。最后针对我国现状,简要提出风险管理措施,促进企业自主创新的发展。