果胶中的果胶低聚糖（POS）是果胶经过解聚的功能性低分子质量产物,由于来源不同,果胶寡糖具有不同的结构和功能。目前,果胶低聚糖主要由富含果胶的原料（包括食品加工业生产的柑橘、苹果、甜菜渣或纯果胶降解产品）经化学法、物理法、酶解法、生物酶解法制备而成。食品加工副产物中含有丰富的果胶物质,是酶法提取果胶低聚糖的首选原料。本文从嗜热真菌Humicola insolens Y1和极端嗜酸真菌Bispora sp.MEY-1菌株中分别克隆获得一个果胶酸裂解酶基因Phly1和果胶甲酯酶基因Pem8A,并在毕赤酵母中实现高效表达,并对两种重组蛋白的酶学性质进行了研究。嗜热Humicola insolens Y1来源的PHLY1是一类嗜碱性的中温果胶酸裂解酶,最适温度为55℃,45℃环境下保持稳定,温育1小时依然保留了超过70%的活性,在55℃温育1小时亦保留超过40%的活性。最适pH为10.0,在较宽的pH范围保持稳定,在pH 3.0-12.0之间可保持60%以上的剩余酶活。PLHY1在没有Ca²⁺的情况下没有活性,在0.4 mM Ca²⁺的情况下活性最高。在不同甲酯化水平的果胶中酶活性保持相当水平。采用HPAEC-PAD法对PLHY1处理得到的苹果果皮降解产物进行了分析,结果表明,PLHY1降解苹果果皮果胶产生的主要水解产物为聚合度较小的不饱和低聚半乳糖醛酸（GalAOS）（DP4-6）。对应的结构式分别为GalA（C₄=C₅）-GalA-GalA-GalA,GalA（C₄=C₅）-GalA-GalA-GalA-GalA-GalA,GalA（C₄=C₅）-GalA-GalA（OAc）-GalA-GalA-GalA。PEM8A是碳水化合物第8家族的果胶甲酯酶,PME8A的最适温度为60℃,在55–80℃可保持80%以上的酶活。最适pH为3.5,在pH 2.5–5.0范围内维持在50%以上的酶活,是真菌来源中少数的嗜酸果胶甲酯酶。用PME8A处理苹果渣、橘皮果胶粗提物后,去甲基化效果明显,使得Achaetomium sp.Xz8来源的内切多聚半乳糖醛酸酶PG8fn酶活分别提高了8.5倍和1倍,表现出很好的协同效应。本研究证明了果胶甲酯酶可以应用在食品加工副产物产果胶寡糖中,为果胶低聚糖的获取提供了新的方法。酶解果胶以获得果胶低聚糖是一个重要的研究领域,该方法具有底物特异性强、水解条件温和、成本低、环境安全等优点。果胶低聚糖的结构和聚合程度与果胶酶的水解性能密切相关。因此,酶法水解可能是获取所需的聚合度和结构的果胶低聚糖的首选方法。这项研究表明,果胶酸裂解酶和果胶甲基酯酶可用于食品加工副产物生产果胶低聚糖,为提取的果胶低聚糖提供一种新方法。酶法不仅能有效控制果胶寡糖的聚合程度和结构,而且能实现食品加工副产物的资源化再利用,创造新的经济效益。