我国经济发展进入新常态后,实体经济发展困难增大,制造业“大而不强”的问题日益突出。要想突破这一困境,必须实现制造业的转型升级,提升我国制造业企业自主创新能力。财政和税收政策作为政府调控经济、促进社会发展的重要手段,可以刺激企业开展研发创新活动。如何更有针对性的利用政府补助、税收优惠等财税政策促进制造业企业加大研发投入,具有十分重要的研究价值。国内外学者已经从多个角度就政府补助、税收优惠对企业研发投入的影响,进行了理论分析和实证研究。国外的相关研究起步较早,其理论分析和研究方法有很大的参考价值,但是研究背景和我国情况有较大差距,研究结果的参考价值有限。我国的相关研究起步较晚,而且大部分是理论政策分析和宏观数据研究,针对具体行业和不同规模企业的实证研究较少。本文对制造业企业中的大型企业和中小企业进行对比研究,在已有研究的基础上对政府补助、税收优惠与企业研发投入之间的关系做出了更具体化的分析。本文借鉴了国内外学者的研究方法,从理论角度剖析了政府补助、税收优惠对企业研发投入的影响,结合我国促进企业研发投入的相关政策实施情况与美国、韩国的相关政策经验,运用系统GMM方法以制造业沪深主板大型企业和深市创业板中小企业2012-2016年数据进行回归分析,最终得出以下结论:(1)政府补助和流转税优惠对大型企业和中小企业的研发投入都有正向促进作用。(2)所得税优惠对中小企业研发投入有正向促进作用,对大型企业研发投入作用不显著。(3)政府补助和税收优惠对中小企业研发投入的激励作用大于对大型企业研发投入的激励作用。(4)政府补助对大型企业和中小企业研发投入的促进作用大于流转税优惠政策。根据以上结论和理论经验分析,本文做出以下建议:(1)加强对大型企业的重视和引导。一方面要引导大型企业参与国家战略技术创新研究,另一方面要鼓励大型企业参与联合研发。(2)完善中小企业的培育引导机制。一方面要引导中小企业建立自有研发机构,另一方面要进一步扩大中小企业流转税优惠范围。(3)建立人才培育税收优惠机制。