行业协会因具备一定的经济属性，是现代市场经济中发展迅速、充满活力的自治组织，对其功能的发挥、与政府的关系等研究备受学者关注。自2013年行业协会实施直接登记管理制度以来，行业协会的政会分开工作稳步推进，对行业协会的监管问题成为了学界关注的热点。在原来的双重管理体制下，政府事实上将行业协会纳入了行政管理的权力之下，呈现出行政控制的根本特征。这种情况下的行业协会以政府的要求为指挥棒，容易产生组织定位偏离、能力发展落后等功能异化问题。　　本文通过走访数家上海市有代表性的行业协会，了解控制型监管体系下行业协会功能异化的原因及表现，提出基于行业协会作为公共治理主体的特定地位，在2015年行业协会与政府机关实行脱钩改革后，应当在信任关系的基础上建立起行业协会的合作型监管体系。本文借鉴西方行业协会监管体系的经验，在分析上海市生物医药协会进行的有益探索的基础上，提出应强化行业协会与其他利益相关者之间的信任关系，激发各类利益相关主体的监管动力，在整体性治理框架下，建立起监管主体—协同主体的叠加结构，在为行业协会获得更为宽松的外部发展空间的同时又能在有序的监管体系下运作，以促进行业协会规范化建设的实现和自治自律能力的提高。