环境会计作为会计学的分支，通过确认、计量记录和披露企业对环境保护的投资与支出，以及核算从中获得的经济效益，并通过有效的价值管理，达到协调企业经济利益和环境保护的双重目的，已经成为了发展“绿色经济”的重要环节。而环境会计在实践中被应用的并不是十分广泛，尤其在面临严重污染问题的制药企业中，应用情况不容乐观。论文对环境会计在制药企业中的应用进行有针对性地研究。首先，应用归纳分析法对国内外关于环境会计研究的发展成果进行综述，提出全文涉及的相关理论，以此作为理论基础与支撑进行研究；其次，分析了我国制药企业的环境影响以及应用环境会计的意义所在，就面临的环境问题和当前应用环境会计的现状进行了阐述，了解了环境会计在整个制药企业的执行情况，并且针对制药企业应用环境会计的成因进行分析，从外部和内部两方面去剖析应用环境会计的原因；再次，针对制药企业应用环境会计的现状问题给出了相应对策；最后，运用案例分析法，结合Y药业公司面临的实际污染问题和企业的财务核算情况，探讨Y药业公司环境会计的应用现状以及存在问题的成因，并就Y药业公司在环境会计应用中存在的问题提出合理建议，完善Y药业公司环境会计核算体系。本文试图在现行会计体系下，引入环境要素，构建适合制药企业的环境会计核算体系，对环境会计要素的确认、计量、记录和信息披露加以探索，并将其运用到实践中，对环境会计的发展起到一定的积极作用。