从表型性状、分子标记和系谱共祖度三个方面全面论述了自建国以来我国棉花品种的遗传改良进展及品种演变。通过4套代表性品种2年多点试验和2套区域试验资料估计了品种改良的实际进展及其遗传贡献；采用172份材料的42个RAPD分子标记探讨了我国棉花品种的遗传基础；用1636份材料的系谱共祖度分析了品种资源的利用情况。主要结果如下： 1．皮棉单产在黄河棉区、长江棉区和新疆棉区分别以7.69kg／hm~2／year、5.73kg／hm~2／year和6.16kg／hm~2／year的速度增长，各棉区近期育成品种比早期育成品种分别增产28.6％、24.3％和39.4％；各棉区近期育成品种的株铃数比早期育成品种的株铃数分别提高了8.9％、19.1％和27.0％；衣分分别提高7.4％、7.5％和12.6％；品种间的铃重差异显著。株铃数的提高对皮棉增产的贡献最大，其次为铃重和衣分。 2．品种产量的改良中，黄河、长江和新疆棉区基因型效应分别为18.7％、21.8％和38.8％；广义遗传效应分别为44.2％、45.1％和82.0％。 3．我国棉花纤维品质性状的改良主要表现在，绒长和比强度分别以0.0192mm／year(ICC标准)和0.0263cN／tex／year(ICC标准)的年增长率显著提高，品种间的马克隆值有显著差异。 4．全国陆地棉群体内绒长、比强度和马克隆值改良过程中的基因型贡献率分别为20.2％、34.7％和34.2％。 5．我国棉花抗病育种改良工作亦取得巨大进展，区试参试品种对枯萎病和黄萎病的抗性逐渐增强。在我国，枯萎病的抗性问题已基本解决；对黄萎病抗性基因遗传规律的研究结果和基因的QTL定位工作为彻底解决棉花品种的黄萎病抗性问题奠定了坚实的基础。 6．RAPD标记Nei’s遗传距离与两组不同来源试验数据的表型性状欧氏距离间相关系数分别为0.6445(n=1770)和0.7078(n=7140)，表明RAPD可以在很大程度上揭示棉花品种间遗传差异。各层次上遗传差异的比较表明：在我国主栽棉花品种中，海岛棉品种遗传基础窄于陆地棉品种；我国自育陆地棉品种的遗传基础窄于国外引进品种；杂交陆地棉品种的遗传基础窄于常规品种；上世纪80年代以后陆地棉品种遗传基础窄于70年代品种；长江棉区品种遗传基础窄于黄淮棉区品种，西北内陆棉区品种窄于长江棉区品种。 7．品种间的共祖度分析表明，从时期上看，1960s为0.1933；以1970s陆地棉品种间的共祖度最高，为0.2141，1980s为0.1725，1990s则下降为0.0848，之后显著下降；从区域来看，长江棉区的陆地棉品种间平均共祖度最高，达0.4407；黄淮棉区的品种间共祖度次之，为0.1789；而西北棉区的共祖度最低，仅为0.1060。 8．在七个重要引进祖先品种中，岱15对我国棉花品种贡献率最大，达30.62％；其次为斯字棉，达15.54％；金字棉为8.97％；乌干达棉为4.90％；福字棉6号为2.04％；108夫为1.94％：爱字棉为0.97％，这7个祖先品种对我国棉花品种共计贡献了64.97％的基因资源。