论文部分内容阅读
目的：应用全基因重测序技术研究瘢痕增生的发病机制，以期发现与瘢痕增生机制相关的可能基因和（或）基因间的相互作用。为瘢痕增生类疾病病理机制阐明、可能的基因途径预测及相关治疗药物研发提供新的理论基础。方法：1、研究对象：1）通过流行病学调查收集连续3代及以上瘢痕疙瘩（KD）家系；2）收集散发瘢痕疙瘩、增生性瘢痕(HS)及正常人群病例2、应用全基因重测序技术筛选相关基因1）选取瘢痕疙瘩家系样本（4例患者，1例正常人）抽取外周血DNA，行全基因组重测序技术；2）通过比对筛选出4例患者共有而未患病者不存在的基因变异或突变；3）通过生物信息学分析对已筛选基因进行GO注释和信号通路分析，确定与瘢痕增生相关的可能基因3、应用Sequenome SNP检测技术进行验证1）散发人群中，将已筛选出的SNP和INDEL基因的变异位点设计合适的引物，利用瘢痕疙瘩人群，增生性瘢痕人群和正常人群样本进行验证。两两组间对比分析。2）瘢痕疙瘩家系中，将已筛选SNP和INDEL进行验证，以家系中正常人作对照，比对瘢痕疙瘩患者，增生性瘢痕患者中共有突变及差异表达突变。结果：1、收集获得4个瘢痕疙瘩家系，从其中一个家系中选取5人进行全基因重测序，筛选出与瘢痕增生相关的25个SNP,19个INDEL，2个SV和15个CNV；2、经过GO注释和信号通路分析，共有19个基因与细胞凋亡、细胞周期、细胞表皮形成与分化，细胞外分泌及细胞粘附有关。1）其中5个CNV分别是GRB7，MAP3K15，MAP4K4，KLF7和NKX2-2；2）2个SV分别是ZAN和TSPAN8一段168bp的基因倒置；3、Sequenome SNP在散发人群中的验证结果：1）与N组比较，ITGB5和ZAN的变异在HS和KD两组之间有统计学意义；2）与HS组比较，KD组HUS1B、SIRT3、MYH8和GPR126基因相应位点的变异具有统计学意义。4、Sequenome SNP在家系中的验证结果：1）家系病例中KD患者均伴有COL17A1和SH3RF1的突变；2）家系中HS病例均伴有COL17A1的突变；3）家系中一位5岁儿童伴有COL17A1和SH3RF1的突变但未发生KD。结论1、中国汉族瘢痕疙瘩家系符合常染色体显性遗传，伴外显不完全2、根据实验结果我们提出以下结论1）与瘢痕增生密切相关是MAP3K15、MAP4K4这两个基因的拷贝数变异以及涉及TSPAN8基因的一段长约168bp的基因倒置；2）在散发人群中ITGB5和ZAN的基因突变与瘢痕的过度增生相关；而HUS1B，SIRT3，MYH8和GPR126与KD的形成相关；3）在家系成员中如同时伴有COL17A1和SH3RF1的基因突变则可能发生KD；若仅发生COL17A1的突变则可能发生HS。