进入21世纪，科学技术突飞猛进，知识经济迅速发展，国际竞争更加激烈。世界各国的竞争，不仅是经济实力和军事实力的较量，从长远来看，实质上是科技实力的较量。谁站在知识的制高点，谁就能掌握主动权，就能赢得未来。为此，党中央、国务院提出要大力建设国家创新体系，全面推行创新型国家建设。高等学校尤其是研究型大学，不仅承担着培养高素质人才、传承文明的重任，还承担着知识创新和技术创新的历史责任，是国家创新体系的重要组成部分。本文就是在这个大的时代背景下，用组织控制论中的生存系统模型原理和自组织、生态位等系统科学理论，审视我国研究型大学创新体系建设，以期从系统结构和运行机理上找出我国研究型大学创新体系的建设规律，进而为我国研究型大学创新体系的建立和完善提供理论指导。　　 本文采用实证研究和理论推导相结合的办法，来建构研究型大学创新体系的系统模型。首先采用定性式开放式编码与定性因子分析对国内外有关研究型大学创新体系建设的重要文献进行深入分析，以便得出影响研究型大学创新发展的重要因素，并揭示这些要素间存在的各种关系。其次在建立研究假设的基础上，进行实证研究，主要是访谈和问卷，对于回收问卷进行描述性分析与聚类分析，以进一步验证定性开放式编码与因子分析提炼的要素是否对于研究型大学创新体系构建具有重要作用，以及验证这些要素可能存在的分类，最后在此基础上进行结果分析和经验模型的构建。要素的精选及其关系的初步确定，为从系统理论上建构创新体系模型提供了经验基础。　　 本文在认真解读组织控制论中的生存系统模型后，由于它就是组织在面对复杂的生存环境时统整、协调内部因素，以适应环境并谋求发展，其实就是激励组织不断创新的过程，且该模型对一切复杂社会组织具有适切性，因此，本文认为它是建构研究型大学创新体系的有用工具。同时本文还借用与生存系统模型相辅相承的两个系统科学理论--自组织理论和生态位理论，以前期实证研究精选出的若干关系要素为基础，进行研究型大学创新体系的模型建构，说明研究型大学的自组织特性和抢占合适“生态位”的内力动员机制。本文认为，研究型大学作为一种社会组织，同样也适应于生存系统模型的原理和规则。结合实证研究和理论推导，本文得出研究型大学创新体系的五大系统要素：（1）学院创新系统（其构成要素为特定学科、教师（知识团队）、创新平台，它们三位一体构成最小生产单元）；（2）价值与规范系统，主要是制度及大学文化；（3）管理与控制系统，主要是教学、科研、人事等职能部门；（4）规划与发展系统，主要是承担信息处理、规划、外联的部门；（5）决策与指挥系统，包括办学理念、决策与辅助决策。这五大系统本身及其所处的外部环境，构成了研究型大学创新系统的运行主体和运行空间：系统各功能模块的耦合为研究型大学创新提供了条件和支撑；系统的创新动力则来自自上而下的组织责任与使命的激励和自下而上的教师探究科学规律的热情和兴趣，两种力量相互交织，成为该体系的内部驱动力量；环境严酷的竞争压力和政府、社会对高等教育产出的期待，则构成了系统创新的外部动力。协调并凝聚内部力量，同时积极应对外部压力，力保系统在所处的“生态环境”中占据有利位置，与环境进行物质、能量和信息等的交换，获取系统生存所需资源，促进自身加快发展，这就是研究型大学创新体系的运作机制。　　 本文通过实证研究、理论推导和模型建构，得出若干结论，并以此为基础对我国研究型大学创新体系建设提出了应对复杂环境、改进系统功能、提高创新能力的相关政策建议。