菊花(Chrysanthemum X morifolium Ramat.)是菊科菊属植物,品种数量众多,形态变异丰富,给菊花品种的分类、遗传多样性研究带来了很大的困难。而对菊花形态学性状的准确把握和解析是对品种进行科学分类和开展遗传多样性研究的基础。为此,本文作者在连续3年对北京菊花资源圃内981个大菊品种进行DUS测试的基础上,筛选出58个代表性强的品种从形态学水平和分子水平对其进行性状的稳定性及变异规律分析。同时应用SRAP标记对58个大菊品种的18个数量性状进行关联分析,寻找与菊花品种数量性状相关的分子标记位点,解析菊花复杂的性状,为菊花品种分类、遗传多样性研究以及菊花分子育种提供基础数据。取得主要成果如下：(1)对菊花品种形态性状的变异系数分析表明：在所观测的58个菊花品种的57个性状中,有21个性状表现出很高的品种内一致性及品种间特异性,这些性状可以用于菊花品种的分类与鉴定。R聚类分析结果表明,除了植株高度、筒状小花数数、舌状小花数具有一定独立性,其他性状具有一定相关性。主成分分析结果表明,贡献值较大的性状为筒状小花长度、筒状小花分布、筒状花部直径、花托大小、花托形状、花瓣宽度、舌状小花数等花部性状以及叶身卷曲程度、叶面平整程度、托叶大小、托叶性状和叶背面毛多少等叶部性状。这一结果说明：除了花部性状外,叶部性状也适合大菊品种分类与鉴定。(2)应用正交设计试验方法建立并优化了大菊品种SRAP扩增体系,筛选出19对扩增条带清晰、多态性较高的引物。对58个大菊品种进行SRAP扩增试验,共产生扩增条带283条,其中多态性条带为225条,多态性位点占80%,多态性信息含量PIC值在0.76-0.94之间,平均为0.87,说明大菊品种具有丰富的遗传多样性。(3) SRAP标记UPGMA聚类分析显示50个中国大菊品种分为4个类群：平瓣类、管瓣类、桂瓣类和畸瓣类,匙瓣类没有单独聚在一起,而是分别聚在平瓣类、管瓣类中,表明匙瓣类品种基因型与平瓣类和管瓣类相似。8个日本品种基本上聚在一起,地域来源与聚类结果表现出一定相关性。(4)群体遗传结构分析表明58个大菊品种存在5个亚群结构,与SRAP标记UPGMA聚类聚类结果基本一致,验证了应用SRAP标记对所选择的58个大菊品种进行UPGMA聚类分析的可行性。群体结构分析表明,日本品种与中国品种间存在种质渗透现象。(5)在群体结构分析的基础上进行大菊品种数量性状和SRAP标记位点的关联分析,发现有6个SRAP标记位点与5个性状显著相关(P<0.01),其中与花部性状(花梗粗度、花瓣宽度、筒状小花数量)相关位点共5个,与茎粗度、叶厚度相关位点各1个,各位点对表型变异的解释率在0.0738-0.4791之间,大菊品种中存在“一因多效”和“多因一效”现象。