随着我国市场经济体制的基本建立和政治体制改革的推进,公益型科研机构存在的外部环境发生重大变化,其内部的各种弊端和矛盾日益突出,进行全面改革势在必行。本文主要通过对发达国家非营利组织及其管理模式的分析,结合我国国情,从非营利组织视角探讨我国公益型科研机构改革。论文首先提出了“非营利组织”的概念、功能、管理、作用和它的局限性,介绍了发达市场经济国家非营利组织与科研机构改革的基本情况,重点分析和研究了我国公益型科研机构的现状及改革的内容、经验和存在的主要问题。在此基础上,提出了我国公益型科研机构体制改革的总体思路、目标、模式设计以及实施途径。笔者认为,按照非营利组织的运行模式改革我国公益型科研机构将是改革的主要模式,因此必须尽快形成涉及非营利组织的法律法规,制定非营利性科研机构管理的相关政策规章,并逐步开展试点工作,政府应以多种方式对非营利机构进行支持,包括各种减免税待遇。