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核酸适配体是通过指数富集配体系统进化(SELEX)技术,从随机寡核苷酸文库(ssDNA或者RNA)中筛选得到的,具有与靶分子高亲和性和高特异性结合的寡核苷酸序列配体,其特性是亲和力高、特异性强、易制备及修饰,并且靶标范围广范。核酸适配体在生物,医药,环境和食品领域的分子识别和检测方面具有重要的应用价值。目前已经发展了多种核酸适配体的筛选方法,如亲和色谱,膜过滤,磁珠分离,微流控芯片及毛细管电泳(CE)等。将CE用于SELEX技术筛选核酸适配体(CE-SELEX)可使筛选周期缩短至传统SELEX技术的三分之一,大大加快了筛选效率,且其实验成本较低。目前常规CE-SELEX用于适配体筛选需将初始的ssDNA文库与靶分子混合孵育,并需要对孵育的温度、时间以及ssDNA文库与靶分子的比例进行优化,耗时较长,靶标和核酸库样品消耗较大。本论文研究了毛细管电泳在线反应模式用于核酸适配体的高效筛选。论文分为三部分:(1)综述部分介绍了核酸适配体的特点,SELEX技术,主要的核酸适配体筛选常用方法,如亲和色谱法、膜过滤法、磁珠分离法、微流控芯片法、毛细管电泳法等。最后介绍了毛细管电泳在线反应方法及应用。(2)依据区带顺进毛细管电泳(ppKCE)模式建立毛细管电泳一次在线反应,将蛋白质和ssDNA依次压入涂层毛细管中,为避免蛋白质和ssDNA提前发生相互作用,两反应物间还需压入一段缓冲液,然后运行毛细管电泳,蛋白质和ssDNA在线混合反应。以人凝血酶(H-Thr)和FAM标记的29碱基适配体(F-Apt29)为模型,研究影响复合物形成的溶液组成,电泳,电压及温度,H-Thr与ssDNA浓度和体积比等因素。并比较了H-Thr与29碱基和15碱基适配体的在线反应差异。此外,将柱上反应用于H-Thr与核酸库的结合研究,收集反应复合物,并通过PCR扩增和毛细管凝胶电泳进行验证。利用在线反应筛选省去了孵育的操作和时间,可节省靶标和核酸库样品,缩短筛选时间,简化了实验步骤。基于在线反应模式的筛选条件优化和复合物分离方法可为核酸适配体筛选提供一种简便、高效、低成本的方法。(3)在毛细管电泳一次在线反应的基础上建立毛细管电泳两次在线反应,将双蛋白靶标-核酸库或蛋白靶标-双核酸库依次压入涂层毛细管中,为避免反应物间提前发生相互作用,各个反应物间还需压入一段缓冲液,然后运行毛细管电泳,蛋白质和ssDNA在毛细管电泳运行过程中进行两次混合反应。以H-Thr和H-Thr适配体为模型,建立毛细管电泳两次在线反应方法。以核酸库和几种常见蛋白为模型,对两次在线反应方法进行验证。利用两次在线反应,蛋白质和ssDNA在毛细管电泳运行过程将进行两次混合反应,大大简化了实验步骤,实现更高效的筛选。