生物序列是指DNA序列或蛋白质氨基酸序列。多序列比对是指三条以上类似长度的生物序列的比对。所谓序列比对是指具有两序列最优相似性的对准排列。由于高通量测序等生化技术的发展,生物序列海量普遍增长。多序列比对越来越被普遍应用于生物学的有关领域中。由于多序列比对问题已经被证明是NP难问题,所以,在实践中常采用各种启发式方法来产生时空平衡的近似解。Blast就是最流行的可以实现多序列比对的软件系统。本文基于Blast的算法,研究改进其核心算法。本文学习和介绍了序列比对问题多种典型算法,特别是最流行的BLAST和2 hit BLAST算法。为改进BLAST算法的耗时和2 hit BLAST算法的精度问题,提出了一个2.5 hit BLAST的改进算法,达到更好的耗时和精度平衡。在详细介绍了 2.5 hit BLAST算法的设计后,以该算法为核心,设计并实现了一个DNA多序列比对系统,验证了该算法的可行性,并对耗时和精度的平衡进行了一些实验比较。为生物多序列比对提供了一种额外的有用选择。