CSRP1在大肠癌中的表达及意义

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目的:探究大肠癌组织中CSRP1(cysteine and glycine rich protein 1)的表达情况,挖掘相关基因数据库,探索CSRP1与大肠癌转移、预后的关系,为大肠癌的临床诊治提供新型标志物依据。方法:本实验过程主要涉及以下三方面:1.质谱色谱技术确定差异表达蛋白谱。方法:1)挑选20例大肠癌患者(病理类型为腺癌)癌组织样本及其对应的癌周组织样本,提取上述组织中的蛋白,将其制备成多肽混合物。2)应用色谱及质谱联用技术筛选上述两种组织样本中的蛋白差异表达情况。3)分析上述蛋白,确定差异表达蛋白谱。2.查阅相关文献,选取CSRP1作为本次研究的目标蛋白,应用Western blot技术验证该蛋白在大肠癌患者癌组织及癌周组织的表达情况。3.利用生物信息学,探究分析相关数据库,并利用软件整理数据库中CSRP1的相关信息,研究其与大肠癌的关系。结果:1.通过质谱色谱连用技术,并分析相关结果显示,大肠癌组织及其相应癌周组织中的差异表达蛋白共有23个,其中上调表达蛋白17个,下调表达蛋白6个,本次实验的目的蛋白为下调表达蛋白之一。2.Western blot实验结果表明CSRP1在大肠癌组织中的表达明显低于癌周正常组织,为下调蛋白。3.分析整合Oncomine数据库可知,CSRP1基因在大肠癌组织中的表达情况低于癌周正常组织;探索Cbioportal数据库,得知编码CSRP1的基因突变率较低,仅为1.11%;继续应用COSMIC数据库分析该基因在大肠癌中的突变类型,发现错义突变所占比例最高,达73.08%;无义突变所占比例最低,占9.62%;同义突变居中,占21.15%;Cbioportal数据库分析得出CSRP1在大肠癌中的共表达基因,依照相关性排列,前十位依次为TAGLN、CNN1、MRCPRF、DACT3、KCNMB1、HSPB7、ACTG2、LMOD1、MYLK;应用Centoscape软件包行Cluego和Cluepedia分析得知CSRP1介导的相关通路中,最为主要的是Dilated Cardio Myopathy(DCM),占24.56%,其次是Muscle Cell Development,占22.81%。结论:1.CSRP1在大肠癌组织中下调表达,其在癌组织中的含量低于癌周正常组织的含量。2.编码CSRP1的基因在大肠癌中的突变率低,比较适合后续基因治疗的研究,且该基因与大肠癌的多条信号转导通路关系密切,值得后续深入探索,为大肠癌的临床诊断和治疗提供新的依据和思路。
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