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本文利用MGE(MobileGeneticElements，移动遗传因子)-PER技术、SSR(SimpleSequenceRepeat，简单重复序列)-PER技术和RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA，随机扩增多态性DNA)-PER技术，研究分析3株马媾疫锥虫(1株来自中国，1株来自非洲，1株来源地不详)、10株伊氏锥虫(7株来自亚洲，2株来自南美洲，1株来自非洲)和5株布氏锥虫(全部来自非洲)之间的基因组遗传变异及进化关系。上述三种方法，在18株虫株中都能获得明显的多态性。综合三种方法的分子数据，同时利用UPGMA法对扩增产物进行聚类分析，所构建出的进化树中可看出，所有的伊氏锥虫聚集成为一束，马媾疫锥虫与伊氏锥虫接近，而所有的布氏锥虫则单独成为一支。布氏锥虫种内遗传变异速度快，种内遗传相似性较低(仅为51.21％)，而伊氏锥虫和马媾疫锥虫的遗传相似性则较高，分别为77.76％和62.13％。来自中国的伊氏锥虫与来自南美洲的伊氏锥虫，其遗传相似性为81.16％，比中国虫株与非洲虫株、南美洲虫株与非洲虫株之间的相似性要高(分别为63.46％和70.05％)，这显示着来自中国的伊氏锥虫与南美洲的伊氏锥虫可能具有同一起源。本文进一步讨论了布氏锥虫、伊氏锥虫及马媾疫锥虫三者之间的遗传进化关系。此外，我们的工作也证明，MGE-PCR和SSR-PCR两种方法与RAPD-PCR技术一样，可以做为研究锥虫属各种的遗传变异情况的有力工具。