本文选用了52份遗传背景有差异的甜玉米自交系材料，用表型聚类和SSR聚类两种方法，对其进行类群划分。根据表型聚类结果，参考每个分类的亲本数量，从52份材料中选出13份能够覆盖所有类群的自交系，作为亲本，按不完全双列杂交配制42各组合，对亲本和F1杂种优势分析，探讨聚类的合理性。实验结论如下：（1）根据自交系株高、穗位等10个性状的测量数值进行聚类分析，将自交系划分为不同的类群。通过表型聚类，以欧式距离7.9为阈值可将52份试验材料分成4大类。第一类有18个亲本，第二类有8个亲本，根据系谱记载，这两大类主要来自国内品系，通过二环系法多代自交获得。第三类有17个亲本，多来自本地的农家品系。第四类有9个亲本，多为外引二环系。（2）用17对引物对52份供试材料进行扩增，在52份甜玉米自交系中共检测到74个等位基因变异，不同检测位点检测到的等位基因变异分别为2～6个，平均每个检测位点检测到的等位基因变异为4.35个。74个SSR位点共检测出52份甜玉米自交系的平均多态性信息含量(PIC值)为0.563，变化范围为0.362(bnlg439)～0.709(bnlg2305)。通过聚类分析，可将52份亲本材料分为4大类。第一大类共14个亲本，多为外引二环系。第二大类有3个亲本，第三大类有6个亲本，这两大类亲本多为本地品系，第四大类有29个亲本，多为国内品种的二环系。（3）用两种聚类方法得到的聚类结果基本吻合，与供试材料的系谱来源基本一致，存在不一致的个体。因为表型聚类是根据亲本表观性状表现型的数值进行的归类划分方法，而表现型就是环境和基因共同作用的结果，不可能完全精准反映基因水平的差异。另外，本文采用了17对SSR引物，不可能完整覆盖整个基因组且供试材料多为二环系，核基因属于杂合子，因基因连锁和独立分配的原因，很难确定其基因偏向性，这些都可能会对分类结果造成一定的偏差。（4）通过对杂交组合超中优势的分析，11个性状的最高超中组合的两个亲本均来自不同的表型聚类群，而株高、穗长、百粒重三个性状的最高超中组合的亲本来自同一个表型聚类群，但分属不同亚群。LO5和L11两个亲本在表型聚类中亲缘关系较远，属于不同的两个类群，但这两个亲本的子一代却没有表现出任何的超中优势。（5）聚类分析为优良组合的选配提供参考，分类距离远的亲本之间的杂种优势不一定高，不能完全按照分类结果选配组合。