皖南花猪SLA基因的生物信息学分析与原核表达

来源 :安徽农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chukwokhung
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目前,猪病特别是非洲猪瘟,严重影响了养猪业的健康发展。因此,筛选出抗病能力强的品种、品系对养猪业发展有积极作用。猪白细胞抗原(swine leukocyte antigen,SLA)是一种重要的抗原呈递分子,在免疫应答中起着关键的作用,而不同品种、品系或个体之间的SLA与抗原肽结合能力不同,会直接导致免疫应答水平呈差异性,进而可能影响抗病性能。皖南花猪作为安徽地区独有猪种资源,其具有抗病抗逆性优良的特点,为了解皖南花猪SLA抗原呈递特性,本研究对16头皖南花猪SLAⅠ类基因(SLA-1、-2、-3)和SLAⅡ类基因(SLA-DQA、-DQB1、-DRA、-DRB1)进行分析,确定它们的多态性、同源性和亲缘性,预测了SLA-1与3种病毒抗原表位多肽的结合能力,为遗传育种筛选抗病能力强的品种奠定基础。1.皖南花猪SLA基因序列的扩增和氨基酸多态性分析采用分子生物学方法,对16头皖南花猪SLA基因扩增和测序,得到了SLA-1、SLA-2、SLA-3、SLA-DQA、SLA-DQB1、SLA-DRA和SLA-DRB1序列分别为27、38、20、16、11、14和11条,并分别命名为SLA-1-WNH1~27、SLA-2-WNH1~38、SLA-3-WNH1~20、SLA-DQA-WNH1~16、SLA-DQB1-WNH1~11、SLA-DRA-WNH1~14和SLA-DRB1-WNH1~11。它们CDS区大小均分别为1086、1095、1086、768、768、759和801bp,编码氨基酸分别为361 aa、364 aa、361 aa、255 aa、255 aa、252 aa和266 aa。对其氨基酸序列分析显示,SLAⅠ类基因均包含5个区,分别为前导序列区、α1区、α2区、α3区和跨膜与胞内区,其中SLA-1的5个区分别有3、60、44、17和13个氨基酸的变异,SLA-2的5个区分别有2、55、51、12和17个,SLA-3的5个区分别有4、30、29、4和9个。SLAⅡ类基因均包含4个区,分别为前导序列区、α1区、α2区和跨膜与胞内区,SLA-DQA的4个区分别有2、15、11和21个氨基酸的变异,SLA-DQB1的4个区分别有1、18、3和4个,SLA-DRA的4个区分别有1、2、6和2个,SLADRB1的4个区分别有0、51、13和4个。2.皖南花猪SLA同源性与遗传进化分析用MegAlign软件分析SLA基因同源性和遗传进化关系,结果表明:皖南花猪SLA-1、SLA-2、SLA-3、SLA-DQA、SLA-DQB1、SLA-DRA和SLA-DRB1基因之间的碱基序列同源性分别为91.7-99.9%、92.6-99.9%、93.0-99.8%、95.7-99.9%、97.2-99.9%、99.2-99.9%和88.4-99.9%;与其他猪SLA对应基因的碱基序列同源性分别为91.9-100%、92.7-99.7%、92.3-100%、95.7-100%、95.6-100%、98.4-100%和85.4-97.6%,其中同源性最高的分别为SLA-1-WNH27与融水小型猪SLA-1*04:01:01(100%)、SLA-2-WNH01与长白猪SLA-2*10es21及SLA-2-WNH26与融水小型猪SLA-2*04:05(均为99.7%)、SLA-3-WNH09与大白猪SLA-3*0101(100%)、SLA-DQA-WNH12与太湖猪SLA-DQA Taihu(100%)、SLA-DQB1-WNH04与长白猪SLA-DQB1*0701(100%)、SLA-DRA-WNH11与太湖猪SLA-DRA Taihu(100%)、SLA-DRB1-WNH02与梅山猪SLA-DRB1*n(97.6%)。采用MegAlign 11.1软件作遗传进化树,皖南花猪的SLA-1、SLA-2、SLA-3、SLADQA、SLA-DQB1、SLA-DRA、SLA-DRB1基因序列均不处于进化树同一分支,其中SLA-1、SLA-2、SLA-3、SLA-DQA的各序列分散在各分支上,而SLA-DQB1、SLA-DRA、SLADRB1的各序列则大多在同一分支上,因此不能通过SLA基因来区分猪的品种。3.皖南花猪SLA-1的原核表达采用Net MHCpan-4.1软件预测代表性皖南花猪SLA-1分子结合猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的抗原表位多肽,初步筛选出抗原结合能力强的SLA-1-WNH11和SLA-1-WNH19,再经PCR方法扩增这两个序列的胞外区,构建p ET-28a-SLA-1-WNH11和p ET-28a-SLA-1-WNH19载体,对其进行原核表达。诱导表达的蛋白经SDS-PAGE和Western-blotting验证分析,获得了2个大小均为32 k Da的蛋白,与预期结果一致。获得的SLA-1-WNH11和SLA-1-WNH19蛋白可以为后续研究提供基础。综上所述,本研究获得了皖南花猪SLAⅠ类基因序列85条,SLAⅡ类基因序列52条,分析了皖南花猪SLA基因序列的氨基酸多态性;同源性和遗传进化分析显示,皖南花猪SLA基因不可作为品种区分基因;预测了皖南花猪SLA-1分子的抗原结合能力,对预测的两条抗原结合能力强的SLA-1序列进行原核表达,获得这两个蛋白为后续皖南花猪SLA分子呈递特征提供了研究基础和生物材料。
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