品种真实性与纯度鉴定对于种子质量的保证十分关键,利用DNA分子标记技术检测种子的质量,不仅高效快速,而且比较准确。本研究以棉种交易市场所购买的的15个种植面积较大的杂交棉品种为材料,利用多种分子标记对其进行品种鉴定及纯度分析,力求找到不依赖两个亲本的市场化、快速、高通量和经济的鉴定F1的技术体系。主要研究结果如下:(1)从10个ISSR引物中筛选出5个能得到特异性扩增的引物,并通过对退火温度和循环次数的试验,建立适用于这5个ISSR引物的PCR程序。将这5个引物用于15个棉花样品的ISSR-PCR扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的特异条带,可以将11个样品从15个样品中完全区分开来。并且采用DPS软件对扩增结果进行聚类分析,结果表明这15个棉花品种间的亲缘关系较近。(2)比较TRAP、SRAP、ISSR这三种分子标记在供试棉花样品品种鉴定中的实用性,结果表明ISSR分子标记在本实验中的效果最好,特异条带最丰富、稳定,且最为显著。(3)选择其中一个样品(泗杂棉8号F1)的112个籽粒进行基因组DNA的提取,并以这112个籽粒DNA作为模板进行ISSR-PCR扩增,然后通过银染检测该品种的纯度。本实验得到的结论:具有一致性带型的样本数比例为79.5%。由此推测该样品的纯度仅为79.5%。但是该品种的真实性和纯度需要进一步的田间种植,通过形态指标及其他指标的鉴定结果相互印证,也有助于验证分子标记鉴定的效率,才能得到最终的结论。或是在获取该品种的两个亲本之后与F1同时鉴定。