随着我国纵向科研项目与科研经费急剧增长,高等学校作为我国纵向科研经费的重点投入对象,其经费使用不当、监管不严等问题频频发生。如何增强高等学校这一类经费的管理水平,进而提升纵向科研项目的投入-产出水平,已成为高校科研发展中亟需解决的重要问题。本论文以S高校为研究对象,首先将国内外高校科研经费使用与管理相关研究基础与S高校的实际情况相结合,主要从管理制度、经费预算管理、经费实际使用过程、监督审计以及经费使用绩效评价这五个方面来进行问题分析;然后在此基础上发现主要原因在于S高校纵向科研经费管理制度不科学、缺乏有效的预算管理机制、内部监督控制机制薄弱及缺乏科学有效的科研经费绩效评价制度等。最后,基于我国科技创新改革发展方向,提出多方位系统提升S高校纵向科研经费使用与管理水平的对策建议,主要包括制定符合S高校实际情况的纵向科研经费使用与管理制度;建立健全的预算管理机制;加强经费管理制度教育培训,消除认识误区;健全内部控制与监督机制;完善绩效评价体系等。基于上述对策建议,创新性地提出引入科研项目间接成本补偿理念、推行全过程经费预算管理、搭建科研信息共享平台等具体实施策略。