转录因子是控制基因表达第一阶段即DNA转录成RNA的一种蛋白质。它通过特异性结合调控区域的DNA序列来调控基因转录过程[1]。理解转录因子与结合位点间的相互作用是理解转录调控机制的关键。而根据转录因子的功能特性对转录因子进行准确的分类是研究转录因子功能的首要任务。本文提出了一种以转录因子结合位点特性来表示转录因子的方法,并以此用支持向量机对其进行分类,并取得很好的分类效果。本文主要有以下几个方面的成果：一、筛选了对于转录因子有代表性意义的转录因子结合位点的六个特性：转录因子结合位点的长度,新的位置频率值,不保守的转录因子结合位点的比率,非核小体位置的转录因子结合位点的比率,既保守又在核小体位置的转录因子结合位点比率,GC含量。二、统计了酵母菌和果蝇的转录因子对应的转录因子结合位点的六个特性,并以此构造了用于表示转录因子的向量。三、基于表示转录因子的向量用支持向量机的方法对酵母菌和果蝇的转录因子进行分类,并取得很好的分类结果。本文中提出的基于转录因子结合位点特性表示转录因子进而对转录因子分类的方法与已有的方法相比不仅准确率得到了提高,而且简单易行,且具有很好的生物学意义。