叶绿体是植物细胞特有的细胞器，除了光合作用外，还参与氨基酸、脂肪酸、植物生长物质、维生素等的合成。在模式植物拟南芥叶绿体中，生物信息学分析，叶绿体基因组编码87个叶绿体蛋白，核基因组编码约4255个叶绿体蛋白，但是绝大部分蛋白质功能尚不清楚。本论文建立了叶绿体蛋白质功能研究的一系列技术平台。 首先，依据我们实验室生物信息学方法构建的叶绿体蛋白质相互作用数据库，从中选取了16对与光合作用相关新的蛋白质相互作用数据，利用酵母双杂交的方法进行实验验证。结果表明其中2对蛋白质具有相互作用：AT2G46820与PSI-L，AT1G15980与ATPG。 我们还利用TargetP软件对未知基因的亚细胞定位进行预测得到转运肽长度信息，扩增包含转运肽的序列并与GFP构建融合蛋白表达载体，转基因植株叶片在激光共聚焦显微镜观察发现蛋白质AT5G48790、AT1G16800、AT2G46820定位在叶绿体中，蛋白质AT4G16410定位在细胞质中。 为进一步分析这些未知功能蛋白质的功能，构建了诱导型RNA干涉表达载体。这些工作为深入研究这些蛋白质的功能提供基础。