目的肠道微生物群可以被认为是一个隐藏的器官,在宿主的稳态中发挥着至关重要的作用。人类微生物群已被证明会影响一些与骨量和骨质量受损有关的慢性病,包括肥胖、糖尿病和炎症性肠病。然而,微生物群与骨骼健康之间的联系还没有得到很好的研究。通过对不同骨密度的人群粪便代谢物进行高通量分析,探讨肠道菌群与骨代谢的关系。方法收集21例不同骨密度病人的粪便样本,分成骨质疏松组,骨量减少组,正常组,运用16SrDNA基因测序技术分析肠道微生物群落,通过Cutadapt（V1.9.1）、Vsearch（1.9.6）、Qiime（1.9.1）、R语言等软件进行肠道菌群多样性和差异性分析。结果1、三组实验数据有效序列平均长度均在430-470bp,有效数据的GC百分比含量均值为51%。原始PE reads数目共1547885,去除嵌合体后有效序列数目1394660。三组实验数据绘成的稀释曲线以及香农曲线中均随着测序深度的增加趋向平坦,测序数据量足够。2、统计分析优化后的序列与OTU代表序列进行比对,与OTU代表序列相似性在97%以上的序列为同一OTU,统计生成OTU丰度表,绘制成图显示丰度最高的30个OUT值,发现骨质疏松组丰度大于骨量减少组和正常组。韦恩图显示正常组、骨量减少组、骨质疏松组既有重叠,又有特殊,特有OUT数目分别是7、2、5。3、对样本物种注释结果统计分析发现,骨质疏松组的Shannon指数、ACE指数及Chao1指数均高于其他两组。三组在纲、目、科、属、种、OTUs水平的群落菌群存在差异,在门的分类水平上,骨量正常组、骨量减少组、骨质疏松组均表现为厚壁菌门和拟杆菌门占据优势菌群地位,组间差异不明显（P＞0.05）;在纲水平上,梭状芽胞杆菌、变形菌、拟杆菌占优势地位。其中芽孢杆菌和Negativicutes有组间差异。梭菌目、拟杆菌目、肠杆菌目在目水平分类上占优势,三组间乳酸菌有明显差异性,随着骨密度的升高,在各组OTU数目中所占比增加。乳杆菌科在科水平上差异明显,（P＜0.05）。在属水平,拟杆菌、志贺菌和肠杆菌占比超过50%,在种水平上乳酸菌在正常组、骨量减少组、骨质疏松组差异明显,有统计学意义。结论1、通过16S rDNA可以分析肠道中菌群的DNA序列,借助一系列软件分析不同组间细菌的多样性和丰度,了解不同骨密度患者的肠道菌群情况。2、骨质疏松患者肠道菌群在不同操作单位水平的菌群种类要多于骨量减少组和正常组,三组样本在生物学分类操作单位水平的肠道菌群种类有一定的重叠性,随着骨密度的降低,肠道菌群的多样性和丰度均增加。3、三组样本间在纲、目、科、属水平上组间差异有统计学意义,三组中的优势菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主。相比于正常组,骨质疏松组在目、科、属水平上乳酸菌明显下降。