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为了解山东省猪群中猪圆环病毒(PCV)的感染情况，本研究于2013年3月~2014年2月期间，对山东省6个未接种猪圆环病毒疫苗的规模化猪场进行血清学调查，采集不同年龄阶段猪血清用ELISA方法检测猪圆环病毒2型（PCV2）抗体，抗体阳性率均在90.0%以上；为排除母源抗体的干扰，又采用PCR的方法对哺乳仔猪及刚断奶仔猪进行抗原检测，哺乳仔猪（1~3周龄）抗原阳性率为1.67%，4、5、6、7周龄抗原阳性率分别为16.67%、33.33%、50.0%、50.0%。表明山东省PCV2感染已极为普遍，种猪抗体阳性率达100%；哺乳仔猪可从母猪获得母源抗体，且抗体水平随日龄的增加呈现先降低后升高的趋势，伴随抗体水平的降低和升高，抗原阳性率也逐渐升高。对4个已接种商品化猪圆环病毒疫苗的规模化猪场进行血清学调查，抗体阳性率分别为99.1%、96.0%、94.4%、89.4%，PCR方法检测其抗原，阳性率分别为13.6%、10.9%、20.0%、13.8%。表明现有疫苗的保护效果参差不齐，保护率均在90.0%以下，但PCV2抗原阳性率显著低于未免疫猪群。将获得的7株猪圆环病毒Ⅱ型山东株全基因组进行克隆和鉴定,测序后登录于GenBank中，登录号分别为KJ511870、KJ511871、KJ511872、 KJ511873、 KJ511874、KJ511875、 KJ511876，与已发表的16株国内外PCV2毒株进行序列比较。结果表明：山东省内7株流行毒株同源性非常高，为96.3%~99.8%；与国内参考毒株的同源性为94.4%~99.8%；与国外参考毒株的同源性为94.0%~98.6%。绘制系统发育进化树可以看出，所获得的7株全基因组序列中有6株属于PCV2d亚型，且均与山东参考株AY556473同属于一个大分支；仅KJ511874一株属于PCV2b基因亚型，与河南株、法国株遗传距离较近。由此说明山东省内流行毒株遗传关系较近，且PCV2d亚型处于主导地位，PCV2b亚型次之。