基于生物信息学分析鉴定乳腺癌细胞中YB-1下游的关键基因和通路

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目的:分析鉴定乳腺癌细胞中YB-1下游关键基因和通路,为乳腺癌治疗提供新的靶点。方法:首先,从基因表达数据库GEO中获得GSE95299和GSE63562数据集。其次,分析这两个数据集,我们分别筛选出乳腺癌细胞YB-1过表达组与未经处理组之间的差异表达基因和乳腺癌细胞YB-1 shRNA组与对照组的差异表达基因;通过韦恩分析,获得与YB-1表达呈一致性的差异表达基因。接着,运用DAVID、FunRich和KOBAS对差异表达基因进行功能和通路富集分析;通过STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用Kaplan-Meier plotter评估与乳腺癌预后相关的差异表达基因。最后,运用NCBI数据库和Genomatix软件进行差异基因的启动子分析。结果:从乳腺癌细胞YB-1基因过表达组和未处理组中筛选出2354个上调和1740个下调差异基因;乳腺癌细胞YB-1 shRNA组和对照组中筛选出737个上调和849个下调差异基因;韦恩分析后,共获得185个呈一致表达趋势的基因,包括147个和YB-1表达呈正相关的上调差异表达基因和38个和YB-1表达呈负相关的下调差异表达基因。功能富集分析显示,差异基因主要富集于细胞凋亡过程、对药物的反应、细胞质的核周区域和线粒体外膜;通路富集分析显示,差异基因主要富集于NF-κB信号通路、细胞黏附分子、TNF信号通路、铂类耐药性、PI3K-Akt信号通路、类固醇激素生物合成、癌症中的微小RNA、HIF-1信号通路、Jak-STAT信号通路和癌症的转录失调。通过进一步分析,获得包括YB-1在内的17个和乳腺癌患者总生存期有关的基因,其中有11个上调差异基因和5个下调差异基因。对这16个基因进行启动子分析,结果显示 CDKN1B、CD276、CTSV、CXCL8、HTATIP2、RBPMS2、RHBPF2、RRBP1和SLC2A6基因启动子区域存在YB-1结合位点。结论:CDKN1B、CD276、CTSV、CXCL8、HTATIP2、RBPMS2、RHBPF2、RRBP1和SLC2A6可能是YB-1信号通路中的下游关键基因,参与促进乳腺癌发生发展的信号通路。
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