子午沙鼠、长爪沙鼠和郑氏沙鼠属于沙鼠属的三个近缘种,子午沙鼠和长爪沙鼠分布区广泛,因此,它们可以作为研究蒙新区小型哺乳动物系统地理学比较理想的研究对象,本研究通过对子午沙鼠和长爪沙鼠线粒体控制区高变序列的种群遗传变异地理分布格局分析,试图探讨第四纪冰期及青藏高原近代的隆升等地质事件对我国蒙新区小型哺乳动物地理分布格局形成及进化的影响。　　动物线粒体是一种存在于真核生物细胞质中的细胞器,可编码13种蛋白质,2种rRNA,22种tRNA和非编码区(D-Loop)。D-Loop高变区序列,呈现母性遗传特点,在种间甚至种内存在着差异,因此可作为动物特异的分子标记。　　本文通过测定来自这三个近缘种127个样品线粒体控制区高变序列398bp,共定义78个单倍型,其中4个为郑氏沙鼠和子午沙鼠的共享单倍型,其它为特有单倍型。序列经比对后,共发现有136个变异位点(占全序列的34.2％),其中5个插入/缺失位点,79个转换位点,35个颠换位点,17个既发生了转换又发生了颠换的位点。　　三个近缘种中,子午沙鼠的核苷酸多样性最高,长爪沙鼠核苷酸多样性最低;子午沙鼠的单倍型多样性最高,郑氏沙鼠的单倍型多样性最低。基于单倍型构建NJ系统树显示,三个种共形成两大支系,其中郑氏沙鼠和子午沙鼠的各个支系聚成一个大支,另外长爪沙鼠独立聚为一支。子午沙鼠形成了明显的系统地理格局,系统树聚成三个支系对应其地理分布文中将它分成了三个地理种群,即东南种群,天山种群和西北种群,郑氏沙鼠的四个单倍型分散点缀在东南种群的支系中。分子变异分析(AMOVA)表明,物种间的遗传变异占88.25％,物种内的遗传变异占11.75％。FST统计结果表明,地理种群间的差异均极显著(P＜0.01)。通过遗传距离计算的三种沙鼠的分歧时间大约在0.064 Ma前(子午沙鼠和郑氏沙鼠)、0.72 Ma前(子午沙鼠和长爪沙鼠)、0.74Ma前(长爪沙鼠和郑氏沙鼠)。通过地理种群间的核苷酸歧异度计算子午沙鼠三个地理种群的分化时间大约0.39-0.57Ma前,该遗传分化发生在中更新世期间(750-125Ka)和晚更新世(125-10Ka)时期,最可能的原因就是第四级冰川的影响和地理障碍的阻隔。　　子午沙鼠(全部和各个地理种群)和长爪沙鼠个体间的歧点分布呈单峰状,并且两种沙鼠的Fu检验值都是负值,提示子午沙鼠和长爪沙鼠可能都经历种群增长和扩张事件,该扩张时间分别大约发生在47和31Ka前,可能受到末次冰期波动的影响。