隐孢子虫（Cryptosporidium）和十二指肠贾第虫（Giardiaduodenalis）是两种常见的肠道寄生虫,具有广泛的宿主范围,可以导致宿主腹泻、消化不良、生长缓慢,严重时甚至造成死亡。奶牛是这两种寄生虫的重要宿主之一。2016年1-4月,江苏兴化地区某大型奶牛场出现新生犊牛的腹泻病暴发。为了确定导致腹泻病暴发的原因,我们从2016年到2017年在该奶牛场进行了多次采样,对奶牛进行了隐孢子虫和贾第虫的检测和基因型鉴定。本次研究在江苏兴化奶牛场共采集了 1390份新鲜粪样,其中包括暴发期的18头病牛粪样和暴发期之后的1372份奶牛粪便。首先采用酶联免疫法对病牛的致病因素做出初步判断,再利用巢式PCR技术和PCR-限制性片段长度多态性技术,对暴发中和暴发后的奶牛进行隐孢子虫虫种、亚型以及贾第虫基因型、亚型的检测,并分析两种病原与腹泻的相关性,以确定奶牛场发生暴发性腹泻的原因。经检测,隐孢子虫在暴发后的兴化奶牛中总阳性率为14.2%,其中,断奶前犊牛阳性率最高,为22.7%,其次是断奶后犊牛（8.4%）,而成年奶牛阳性率最低（1.0%）。本次实验共鉴定出4个隐孢子虫虫种,包括C.parvum（n=79）,C.ryanae（n=48）,C.bovis（n=31）和C.andersoni（n=3）以及不同虫种的混合感染。C.parvum为断奶前犊牛的优势虫种,主要集中在三周龄以内的奶牛中,和暴发期病牛的年龄段一致;而C.ryanae和C.bovis为断奶后犊牛中的优势虫种。同时,C.parvum在奶牛腹泻暴发期的感染率显著高于暴发后的感染率（P＜0.05）。χ2分析表明,C.parvum与奶牛水性腹泻显著相关（P=0.004）,而 C.ryanae（P=0.000）和 C.bovis（P=0.001）与中度腹泻显著相关。经分析发现所有的C.parvum分离株均属于IIdA19G1亚型,因而该亚型是造成该奶牛场犊牛腹泻病暴发的主要原因。除此之外,C.ryanae和C.bovis是造成奶牛中度腹泻的一个潜在风险因素。贾第虫在奶牛中的总阳性率为20.6%,2017年奶牛贾第虫的感染率明显低于2016年的感染率。最高的感染率出现在断奶前犊牛中,为38.9%。在断奶前犊牛中,1-5周的奶牛贾第虫的感染率相对较低（2.4-15.2%）,与暴发期病牛的年龄段不符,因此贾第虫不是造成奶牛暴发性腹泻的主要原因。在本次研究中共检测到贾第虫的两个基因型,包括集聚体E（n=278）、集聚体A（n=2）和A+E（n=1）的混合感染。集聚体E在bg、gdh、tpi位点上分别检测出13、7、10种亚型,其中分别包括5、2、3种新亚型,共形成65个多位点基因型。eBURST分析表明,遗传重组可能是造成集聚体E内部高度多态性的原因。以上结果确定了微小隐孢子虫的IIdA19G1亚型是奶牛发生暴发性腹泻的原因,并且补充了隐孢子虫和贾第虫在江苏奶牛中的流行病学数据,为寄生虫病的防控提供参考。