论文部分内容阅读
【目的】 研究白癜风( Vitiligo )患者TCRβ链( T cell Receptor ) CDR3 (complementarity-determining region 3)的多样性和克隆型,进一步探讨不同的V基因使用情况或特异性使用CDR 3基因对白癜风的影响。 【方法】 1.外周血单个核细胞和白癜风患者皮肤组织的分离与提取 取7例正常人的肝素化管,取10 ml全血,用Ficoll-Paque plus分离外周血单个核细胞(PBMC)。?密度梯度离心,用磷酸盐缓冲液冲洗两次。临床手术获得白癜风组织8例(详细病例资料见表1),对照PBMC和病例组织同质细胞RNA按制造商的指示用Trizol试剂(Sigma,St.Louis,USA)提取纯化,用大容量cDNA逆转录试剂盒(大岛应用生物系统)从总RNA中提取cDNA,研究方案经XX医院伦理委员会批准。所有预期的人都获得书面知情同意。 2.TCR基因β链V基因CDR 3序列的PCR扩增及文库构建 用多重PCR方法扩增上述cDNA。分别获得TCRβ链V区侧翼序列,并进行文库分析。CDR 3碱基数据由Illumina Hisq 2000测序仪获得。通过与网站http://imgt.cines.fr的比较,构建了标记的CDR 3片段VDJ基因家族,对表达谱进行了序列分析。 【结果】 1.CDR 3区VJ基因在病例及对照组中的应用 为揭示白癜风患者T细胞免疫功能的特点,采用免疫酶联分析平台对白癜风患者组织中TCRβ链V区和J区及正常人PBMC进行了序列分析。我们从病例和对照中分别获得了高质量的22.286 million和16.833 million 个碱基序列。组装后,分别从病例组和对照组获得39407个克隆和76623个克隆,并进一步比对了V基因在病例和对照组中的表达情况,结果提示:TRBV 20-1、TRBV 7-9和TRBV 2高表达。在这些V基因使用中,TRBV 7-9在两组中均有明显表达。同时,我们还对两组进行了主成分分析(PCA),这是将一组观测值转换为一组特殊值的统计方法,从结果看,病例与对照组V基因的使用比例有差异。经t检验统计学处理,发现TRBV 7-9、TRBV 25-1、TRBV 4-1和TRBV 12-5表达在病例组与对照组之间有显著变化。 2.白癜风患者及对照组CDR 3长度分布特征 为了评估TCR序列的多样性,我们分析了病例和对照组的CDR 3氨基酸长度分布。本研究从Illumina Hisq 2000序列平台获得了病例和对照的CDR 3序列。这一结果为TCRs的多样性提供了一个合理的方法。相比之下,唯一的克隆型只对每个克隆类型计算一次。因此,总克隆型呈现出不同的变化,独特的克隆型表现为一致,这说明根据个体的免疫情况,他们的表达量不尽相同。用氨基酸(AA)长度进行样本相关性比较,所有样本的相关系数均在0.85以上,无论是总克隆型长度分布还是唯一的克隆型长度分布。我们还比较了AA代码使用情况分布。 3.白癜风患者及正常人TRBV库的克隆频率分布 为了验证TCR序列的克隆分布特征,我们计算了每个克隆的表达频率。病例组和对照组的总阵挛数和>2阵挛数均无显着性差异,病例组的D50和D50频率分布高于对照组,同样的结果也体现在独特的克隆型数上。我们还进一步发现,白癜风患者的频率>0.5%倍扩张阵挛型(HEC)数明显高于对照组。 4.白癜风患者与正常人TRBV基因高度扩增克隆型(HEC)的研究 为评价白癜风患者与正常人之间克隆水平TCR库的克隆型复制情况,对高扩展克隆型(HEC)进行了计数。各组间差异无显着性,主成分分析(PCA)对HEC的下维度和PCA的差异均无显着性,我们还比较了前100位克隆型丰度频率分布[%],log2,结果显示病例前100位克隆型明显高于对照组。 【结论】 1.提示b白癜风患者TCRβ链V基因的克隆型、特异性和多样性存在差异。 2.TRBV 7-9克隆型或可作为白癜风患者诊断的有用指标。