基于基因表达谱筛选lumina1型乳腺癌的预后标志物和治疗药物

来源 :南京医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tony_m_wang
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目的:利用基因表达谱和关联性图谱数据库筛选lumina1乳腺癌的潜在预后标志物和治疗药物,并验证所筛选药物对MCF-7乳腺癌细胞的影响。方法:在GEO数据库中筛选出lumina1乳腺癌细胞基因芯片表达谱数据集GSE42568、GSE45827 和 GSE61304,用 R 语言及 Bioconductor 筛选出显著差异表达基因后采用Metascape对其进行功能注释。使用Cytoscape软件构建显著差异表达基因编码PPI,确定核心基因群并通过TCGA数据库验证其在lumina1乳腺癌患者中的表达和与临床预后的关系。利用CMap数据库筛选出对lumina1乳腺癌有治疗作用的候选药物。采用MTT法验证候选药物对MCF-7乳腺癌细胞增殖的抑制作用,并通过流式细胞仪分析其对MCF-7细胞周期的影响。结果:一共获得3个数据集共有的显著差异表达基因375个,其中上调显著差异表达基因136个,下调者239个。通过对显著差异表达基因进行功能注释,发现这些显著表达差异基因主要富集在PPAR、ECM受体、AMPK、细胞周期、脂降解、PI3K-Akt等信号通路。最终筛得包括CCNB1,CDK1,PBK,TOP2A,RACGAP1,CDC20,UBE2C,MELK 等 8 个基因的核心基因群。核心基因群在lumina1乳腺癌中的表达显著高于正常人群(P<0.05),且该核心基因群低表达患者生存率显著高于高表达患者(P<0.05)。最终筛选得到雷公藤红素、芹菜素、白杨素等10种候选治疗药物,实验证实白杨素可有效抑制MCF-7乳腺癌细胞的增殖,并将细胞阻滞在细胞周期的G2期。结论:核心基因群中的基因有望成为lumina1乳腺癌的预后标志物。基于关联性图谱数据库可快速筛选出lumina1乳腺癌的候选治疗药物,减少药物开发研究的盲目性,为该疾病的治疗提供了研究方向。
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