胶原蛋白Ⅳ相关疾病的基因突变分析暨基因型和表型相关性研究

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目的:Alport综合征(AS)及薄基底膜肾病(TBMN)均为胶原蛋白Ⅳ相关疾病,但两疾病的预后有很大区别。对于儿童或女性患者,两者难以从临床表现及病理改变准确区分。故新基因突变的发现有助于扩展基因突变谱,帮助对两种疾病的早期鉴别,及产前诊断。本研究对6个胶原蛋白Ⅳ相关疾病家系的COL4An基因突变特点进行分析,并探讨基因型和表型的关系。方法:描述6个家系16例患者的临床表现及其病理特点。通过二代测序对6个家系COL4An基因筛查,对发现的可疑候选突变的位点设计PCR引物进行扩增,并用Sanger测序验证。对发现的错义突变,运用在线软件(Poly Phen-2,SIFT,Mutation Taster)分析其致病性。采用Vector NTI Advance 10-Align对同源蛋白进行序列比对。采用BDGP对剪切位点进行预测。提取部分患者皮肤及肾组织RNA,验证剪切产物。并通过T-A克隆验证其中一剪切突变不同剪切产物亚型之间的比例,并验证其中一家系两名女性患者是否存在X染色体的失活。结果:(1)通过二代测序,16例患者中发现并确定新COL4An基因突变9个,分别为:COL4A3-c.1697G>T(p.Gly566Val),COL4A3-c.2687T>C(p.Phe896Ser),COL4A3-c.2990G>A(p.Gly997Glu),COL4A4-c.1715G>C(p.Gly572Ala),COL4A4-c.3289+3A>G,COL4A5-c.1424-4C>G,COL4A5-c.2777G>T(p.Gly926Val),COL4A5-c.4298-2 A>T,COL4A5-c.1552G>A(p.Gly518Arg)。其中,可能与薄基底膜肾病相关的基因突变3个(c.1697G>T&c.2687T>C&c.2990G>A),可能与常染色体隐性遗传Alport综合征相关的基因突变2个(c.1715G>C&c.3289+3A>G),可能与X连锁伴性遗传Alport综合征相关4个(c.1424-4C>G&c.2777G>T&c.4298-2 A>T&c.1552G>A);错义突变6个,剪切突变3个。(2)通过SIFT、Poly Phen-2和Mutation Taster分析,表明本研究中新发现的错义突变中有5个(c.1697G>T,c.2990G>A,c.1715G>C,c.2777G>T,c.1552G>A)为致病性突变。而c.2687T>C为良性突变。另外,错义突变致病性评分系统显示c.2687T>C,c.1715G>C为中度致病可能,而c.1697G>T,c.2990G>A,c.2777G>T,c.1552G>A被预测为高度致病可能。与同源蛋白比较结果显示除c.2687T>C外均高度保守。综上,推测COL4A3-c.2687T>C(p.Phe896Ser)可能为SNP。(3)突变c.3289+3A>G位于COL4A4基因第34号内含子的剪切突变,可导致第34号外显子全部缺失。突变c.1424-4C>G,位于COL4A5基因第21号内含子,该位点激活了21号内含子内部一个潜在的剪切位点,导致在22号外显子前部插入TAG三个碱基(c.14231424ins TAG;p.Lys474Gly475ins Val)。突变c.4298-2 A>T位于COL4A5基因47号内含子的经典剪切受点,其导致两种不同的剪切产物。一种为48号外显子完全缺失;另一种为48号外显子完全缺失的同时插入了一个源于47号内含子的深部外显子片段。(4)将突变c.4298-2 A>T的转录产物插入p GEMT Easy载体,测序发现大约有20%(10/48)为48号外显子缺失,约30%(14/48)为48号外显子缺失伴有深部外显子的插入。(5)家系X3中的两名女性患者不存在X染色体失活倾斜,其中患者Ⅱc为复合杂合子。结论:我们共发现新COL4An基因突变8个和疑似SNP 1个,扩展了基因突变数据库。报道了国内首例复合杂合突变导致的女性X连锁伴性遗传Alport综合征。
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