3株放线菌新物种多相分类与易变链霉菌TRM45540 ActD-24基因重组质粒的构建

来源 :塔里木大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:chouddy
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新疆南部地区日照时间充足,降水量少,气候干燥,形成了典型的盐碱极端环境,在该环境中蕴藏着丰富的放线菌新物种。本研究对来自南疆盐碱环境的三株放线菌新物种进行了多相分类鉴定,确定其分类地位;同时本课题组从新疆罗布泊分离获得一株高产放线菌素D的易变链霉菌TRM45540,利用生物信息学预测了该菌株放线菌素D生物合成基因簇,推测其中的ActD-24基因这一膜转运功能对放线菌素D生物合成起调控作用,然而尚未见相关报道。本研究构建了易变链霉菌TRM45540放线菌素D生物合成基因簇ActD-24基因的重组质粒,以期验证该基因的功能,确定其在放线菌素D生物合成途径中的调控作用。具体研究结果如下:1.通过对菌株TRM46794-61、TRM49032和TRM49642基因型特征、形态特征、生理生化特征以及化学分类特征的多相分类,同时与相似菌株进行比较分析证实了三株菌属于链霉菌属的新物种,依次命名为沟渠链霉菌(Streptomyces canalis sp.nov.),模式菌株为TRM46794-61T;戈壁滩链霉菌(Streptomyces gobiensis sp.nov.),模式菌株为TRM49032 T;若羌链霉菌(Streptomyces ruoqiangensis sp.nov.),模式菌株为TRM49642 T。2.利用NCBI数据库的CD-Search功能预测ActD-24基因具有膜转运蛋白保守结构域序列;同时BLAST比对结果显示ActD-24基因与Streptomyces lividans TK24的putative membrane protein序列最相似,相似度为87%,因此推测ActD-24基因具有编码膜转运蛋白功能。通过构建pKC1139-T1KanT2突变载体验证ActD-24基因的功能。具体突变载体构建过程:设计同源臂上游片段长度为411 bp,下游片段为573 bp,标记基因(kan)片段为1491 bp,并将三条目的片段通过酶连方式与穿梭载体pKC1139相连,获得突变载体pKC1139-T1KanT2,大小约为9 kb。最终将突变载体转入E.coli ET12567完成重组质粒构建。本研究对三株放线菌新物种的鉴定丰富了放线菌物种资源库;而ActD-24基因重组质粒的构建为研究其在放线菌素D产生的调控作用提供了研究基础。
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