条块管理是目前我国各级地方政府实施管理的重要途径,在我国经济发展与社会稳定中起到至关重要的作用,为促进经济社会发展做出了巨大贡献。但在现如今条块管理的运行中存在着权责失衡、协调不畅、执法不利等一系列问题。乡镇政府作为地方政府最基层部门,是党和国家各项工作的落脚点,担负着承上启下的职能,在农村乃至整个社会经济发展中发挥着基础性作用。基层条块管理运行的不畅导致乡镇政府面临的问题尤为明显,甚至影响到政策工作的正常开展。文章以S镇政府在行政管理运行中受条块管理体系影响所存在问题为切入点,运用“地方治理”、“府际关系”“协同治理”等理论基础,采用文献研究法、社会调查法和实证研究法等研究方法,得出S镇政府面临工作冲突、事务繁杂、缺编严重、财政趋紧、职能不明权责不清等问题,并从体系建设、工作要求、编制管理、财政收入、职能定位等方面进行剖析。针对反映突出问题提出规范“条块”管理体系和内容、科学界定编制与事权、平衡乡镇财政收支、明确乡镇政府职能与责任等对策,丰富地方政府职能转变案例,为其他改革地区提供理论参考。