苏云金杆菌DNA芯片的研制

来源 :第一军医大学 南方医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ycgwx
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苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,简称Bt)作为生物杀虫剂在世界范围内广泛使用,出于安全性的考虑,对其进行快速检测十分必要。本实验通过制备Bt检测DNA芯片来研究采用DNA芯片技术对Bt进行快速检测的可行性,同时探讨微生物检测DNA芯片的制备方法。 根据GeneBank中苏云金杆菌以色列亚种(Bacillus thuringiensis subsp.Israelensis,简称Bti)的相关基因序列信息,选取Bti质粒pBtoxis上8个基因:杀虫晶体蛋白(insecticidal crystal proteins,简称ICPs)基因及其相关基因(如:cry蛋白分子伴侣)作为探针设计的来源基因。设计特异性引物扩增这8个基因的DNA片段,然后采用基因克隆与PCR扩增、限制性显示(restriction display,RD)技术等方法制备了18条200-800bp Bti检测探针。5个特异性扩增的小片段DNA(长度在800bp以下)直接与T载体连接,建立基因克隆;3个大片段DNA(长度在1500bp以上)采用差异显示技术制备探针:Sau3AI酶切特异性扩增的片段DNA后,在酶切产物两端连接通用接头,用与通用接头互补的通用引物进行扩增,扩增出的RD片段建立相应的基因克隆。快速鉴定克隆,测定阳性克隆核苷酸序列,用BLAST软件进行序列同源性比较,从中挑选Bti特异性探针。 用制备的Bti特异性探针打印芯片,提取Bti和Bt库斯塔克亚种(Bacillus thuringiensis subsp.Kustaki,简称Btk)总DNA,用随机引物标记的方法进行荧光标记,荧光标记样品与制备的DNA芯片进行高严谨杂交,扫描、分析杂交结果。 实验结果显示:探针测序及BLAST结果表明制备的这些探针与来源基因序列相符,为Bti高度特异。采用RD技术,由一个大片段DNA可制备多条探针,这些探针的长度均一,适宜芯片杂交。DNA芯片的杂交结果证明,制备的DNA芯片,能有效区别Bti和Btk,可用于Bti的鉴定。可用此方法制备DNA芯片,用于微生物检测。
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