肝脏衰老的转录组学图谱

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随着人口老龄化的加剧,衰老研究已逐渐成为医学界的研究热点之一。越来越多的基础研究和流行病学调查显示,衰老会导致基因组、细胞、组织和整个生物体稳态的逐步损害,继而降低生存率和繁殖力,同时增加疾病和死亡的风险。过去的研究已经证实了细胞层面衰老的九大标志,包括基因组不稳定性,端粒损耗,表观遗传改变,蛋白稳态丧失,营养信号感知失调,线粒体功能障碍,细胞衰老,干细胞衰竭和细胞间通讯改变,并提出了可减缓并部分逆转衰老的各种实验性干预措施,如热量限制等。相比其他衰老器官,肝脏似乎是体内少有的能挑战衰老进程的器官,但其在衰老过程中仍不可避免地出现体积减小,血流量减少,外观变化,代谢能力和再生能力下降等结构和功能的改变,且这些变化对人体其他器官的衰老过程和疾病易感性也有着重要影响。因此,准确理解肝脏衰老背后的机制,能更有效地研发衰老干预措施和抗衰老药物,从而提高老年人生活质量,降低肝脏疾病的发病率和死亡率。在之前的肝脏衰老研究中,研究者们通过分析人类和其他哺乳动物的全基因转录组已报道了多个与衰老相关的信使RNA。除此之外,衰老相关的表观遗传学改变也被证明会影响基因的表达,从而导致信使RNA和各种非编码RNA参与到衰老表型的改变中。但由于临床样本收集的困难和测序成本的昂贵,这些研究主要集中在小鼠等动物模型的衰老肝脏上。即使是基于人体肝脏的研究,其目标也大多与纤维化、癌症和糖尿病等疾病或损害有关,这表明目前仍缺乏有关肝脏自然衰老变化的研究。因此在本研究中,我们收集了9例生前健康的肝移植供体样本对其进行全转录组测序,分别在信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)水平上分析了其随衰老发生的转录表达变化,并提出了包含三者的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,突出mi R-10b-5p、mi R-450b-5p、mi R-6087、FAM30A、LINC01447等非编码RNA在肝脏衰老中的调控作用,并预测出一个新的关键miRNA。为保证其可靠性,我们又在收集到的另外11例良性肝脏疾病患者的肝脏样本上,进行了实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(q RT-PCR)的验证,证明了测序数据与其结果的一致性。并利用基因型组织表达(GTEx)数据库的更多健康肝脏样本测序数据,对其进行了加权基因共表达网络分析(WGCNA),证实了免疫及细胞外基质相关通路在衰老过程中的广泛改变。除此之外,我们还利用基因表达综合(GEO)数据库中的公共数据集,在单细胞水平上探究了肝脏衰老的基因变化和细胞状态改变。最终根据以上结果,本研究得出了完善的肝脏自然衰老的转录组学图谱,为之后的肝脏衰老研究提供了可靠的转录组学理论基础。
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