本文以沈阳农业大学长期地膜覆盖定位实验站不同施肥处理(不施任何肥料(CK)、单施氮肥(N)、单施有机肥(M)以及有机肥和氮肥配施(M+N))下的棕壤和西藏高原地区不同海拔高度的13种土壤为试验材料,测定了土壤的基本理化性质,运用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对土壤细菌的多样性进行了研究,并结合实时定量PCR(Real-Time PCR)技术对土壤中细菌、真菌、氨氧化古菌(Ammonia oxidizing archaea,AOA)和氨氧化细菌(Ammonia oxidizing bacteria, AOB)等不同微生物菌群进行了定量分析。结果表明：沈阳长期施肥试验中,施加氮肥的土壤pH为4.9,低于其它三个处理；而在有机肥(M)和有机-无机配施(M+N)处理中,土壤N,P和K的含量均高于对照处理。采用DGGE对土壤细菌进行多样性分析后发现,酸杆菌是土壤中的优势菌群；施加有机肥(M和M+N)的土壤细菌种类丰富,且出现芽孢杆菌；氮肥处理土壤的细菌多样性最低,却在该处理中检测到了放线菌。定量结果显示,土壤样品中各微生物之间的数量关系为：细菌>真菌>AOB>AOA;在氮肥处理中,四种微生物数量均为最低。西藏高原地区不同海拔高度的13种土壤呈碱性,pH都在8.5以上；高海拔地区土壤有机质和全氮含量明显低于低海拔地区。DGGE结果显示,蓝藻菌是土壤中的优势菌群,高海拔土壤都含有芽单胞菌,而放线菌则大都在低海拔土壤中才检测得到。由Real-TimePCR分析发现,随着海拔的升高,土壤中的微生物数量在减少；另外,较低海拔时AOA数量高于AOB,而海拔升高后情况相反。