随着中国经济发展进入转型期和攻坚期,科技型中小企业健康发展对我国经济发展的意义越来越重要。但科技型中小企业面临着严重的融资困境,发展受到严重制约。为此,我国专门设立科技型中小企业创新基金来对其进行资金扶持,以达到促进企业和经济发展,推动科技创新等目的。经过十几年的发展,科技型中小企业创新基金已与风险投资基金一起成为科技型中小企业最主要的融资渠道,都对科技型中小企业起着重要的推动作用。科技型中小企业创新基金投资效率的高低对被投科技型中小企业的发展和我国经济发展有着重要影响。所以,探究创新基金投资效率情况如何有着重要的学术意义和现实意义。通常情况下,科技型中小企业创新基金因其公益性,投资效率会低于具有较高市场性风险投资基金的投资效率。所以,本文假设:科技型中小企业创新基金具有一定的投资效率,但会低于风险投资基金的效率。利用DEA方法中的C~2R和BC~2模型对科技型中小企业创新基金投资的综合效率、纯技术效率和规模效率进行测算,并将结果与风险投资基金投资相关效率测算值比较,以此证明该假设。此外,从运行机制角度分析造成科技型中小企业创新基金效率不足和与风险投资基金效率有所差异的原因。本文得出如下结论:(1)科技型中小企业创新基金投资具有一定的投资效率,但投资效率相较风险投资基金较差,综合效率不足,主要是纯技术效率无效造成。(2)科技型中小企业创新基金投资效率较低的制度原因主要有:资金来源单一具有公益性且灵活性不足;投资方式和退出机制的低效益性;机构设置不科学;项目筛选过程不科学;监管力度不足;缺乏高效激励机制。基于以上分析,本文建议如下:(1)优化项目筛选流程,优化筛选项目时考核标准,加大对项目和企业的尽职调查力度,保证所获信息的真实性和有效性;(2)优化资金投入方式和拨付流程,创新资金投入方式,将公益性和市场性更好的结合起来;(3)改善激励机制,对投资企业设定更为合理验收评价标准,设置市场导向性指标,增加激励手段;对科技型中小企业创新基金本身,完善内部激励机制设计,将工作人员人事变动与薪酬适当与选择项目和企业的发展绩效相联系;(4)提高监管力度,加大信息披露强度,提高对被投企业和项目的回访频率,减少分段投资时间间隔。