家养动物不仅为人类提供了稳定的食物来源及许多有用产品，而且在人类文明发展过程中起着重要作用。因而，家养动物的起源与进化一直是考古学家和遗传学家们共同关注的热点问题。其中，起源地的判定尤为重要，因为确定起源地是理解家养动物在时空上进化改变的基础。本文首先从取样策略、基本原理及其前提假设、可靠性程度等方面对在DNA序列水平上判定家养动物起源地的方法进行了概述和评论。最后，我们认为不同国家多个实验室的联合，以及现代样本和古DNA标本、多方面遗传信息、多种分子标记和不同数据分析方法的综合使用，并结合考古学、生态学等多学科的知识，将有望彻底阐明家养动物的起源问题，从而全面推动其它相关研究的开展。 本研究测定了来自中国18个土著家养山羊品种共368个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区第一高变区481bp的序列，来调查中国家养山羊的遗传多样性和系统发育地理结构。系统发育分析揭示，中国家养山羊存在四个线粒体DNA世系A、B、C和D，其中世系A占主体，世系B为中等，而世系C和D的频率较低。以上结果进一步支持家养山羊有多个母系起源的观点。中国家养山羊mtDNA序列的遗传变异模式表明世系A和B经历了群体扩张事件。在对已报道的和中国家养山羊中属于世系B序列的联合分析中，检测到两个亚枝，其中一个为东亚家养山羊所独有，另一个由东亚和南亚家养山羊所共享。世系B中东亚家养山羊的遗传变异水平高于南亚家养山羊的遗传变异水平，以及该世系的系统发育地理变异模式表明，世系B至少有一个亚枝起源于东亚。在中国家养山羊群体之间没有显著的系统发育地理结构，这说明历史上家养山羊的广泛运输导致了山羊群体之间存在很强的基因流。 为了解中国家养绵羊的起源、遗传多样性及系统发育地理结构，结合以前报道的44条中国土著家养绵羊序列，本研究分析了来自中国13个地理区域19个土著家养绵羊品种/群体共449个个体的mtDNA控制区531bp的序列。系统发育分析结果显示，除了4个群体缺乏世系C外，在其余所有群体中都能检测到以前界定的3个家养绵羊mtDNA世系A、B和C。网络图显示：世系B和C呈星状系统发育关系，并分别有一个中心建群单倍型；世系A有两个呈星状关系的亚枝，并各自有一个中心建群单倍型。综合世系A的遗传变异分布格局和两个亚枝的中心建群单倍型间的分歧时间，表明世系A发生了两次独立的驯化事件。本研究在中国家养绵羊中检测到丰富的mtDNA多样性，并观察到中国土著家养绵羊群体间以及亚洲和欧洲家养绵羊间存在微弱的系统发育地理结构，这可能归因于历史上人类活动引起的长时期高强度的基因流。中国家养绵羊群体内高度的多样性和微弱的系统发育地理结构提示，家养绵羊至少发生了三次地理上独立的驯化事件，驯化发生地区不止局限于近东。