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本研究从我国甘肃省和四川省6个县27个地区的不同牧民家庭采集牦牛奶及传统发酵牦牛奶制品(酸牦牛奶、曲拉、乳清和酥油)共152份,对其中蕴含的乳酸菌采用传统纯培养方法进行了分离,利用16S rDNA序列分析等方法对分离株进行了鉴定并分析了其中的乳酸菌多样性：选取有代表性的传统发酵牦牛奶制品样品,采用非培养的宏基因组学方法(PCR-DGGE和焦磷酸测序)对其中的微生物多样性进行了进一步的研究分析。结论如下：1.采用BCP平板计数法检测了所有样品中乳酸菌活菌总数,结果显示乳酸菌活菌数变化范围在4.00lgcfu/mL～9.15lg cfu/mL,且大多数样品乳酸菌数在6.00lgcfu/mL以上。同时采用选择性培养基(MRS和M17)并结合形态观察对样品中的乳酸菌进行了分离,获得乳酸菌分离株533株。2.通过形态观察和16S rDNA序列分析法对所有的乳酸菌分离株进行了鉴定,对16S rDNA序列相似性高的菌株采用种特异性PCR、PCR-RFLP、DGGE等技术进行了鉴定,最终将所有分离的乳酸菌鉴定到种或亚种水平,建立了鉴定乳酸菌的分子生物学平台。533株乳酸菌分离株属于6个属24个不同的种和亚种,其中乳杆菌属(Lactobacillus)246株,占分离乳酸菌总数46.15%；其次为明串珠菌属(Leuconostoc)156株,占29.27%；链球菌属(Streptococcus)67株,占12.57%；乳球菌属(Lactococcus)50株,占9.38%；肠球菌属(Enterococcus)11株,占2.64%；魏斯氏菌属(Weissella)3株,占0.56%：在微生物的多样性上,瑞士乳杆菌(24.2%)和肠膜明串珠菌肠膜亚种(20.64%)是甘肃和四川牦牛奶及传统发酵牦牛奶制品中的优势菌种。不同地区不同种类的牦牛奶制品中乳酸菌组成既有相似性也有差别,如：瑞士乳杆菌是甘肃地区的传统发酵酸牦牛奶、曲拉、乳清中的优势菌：而嗜热链球菌和瑞士乳杆菌分别是四川酸牦牛奶和曲拉的优势乳酸菌。3.建立了甘肃和四川地区牦牛奶制品中乳酸菌的16S rDNA基因序列数据库,将分离得到的533株乳酸菌的16S rDNA序列全部上传到GenBank数据库,登录号为HM058517-HM058580, HM058582-HM0059029, HM217942-HM217944, HM217948, HM217953, HM217956, HM217962, HM217964, HM217967, HM217971-HM217975, M217984-HM217986. HM217994-HM217999.4.采用非培养的PCR-DGGE技术分析研究了四川有代表性的10份曲拉中的微生物多样性。结果显示曲拉样本中包含了9种以上乳酸菌(Lb. helveticus, Lb. plantarum, Lb. fermentum, Lb. paralimentarius,Lb, sanfranciscensis, Leu. citreum, Lb. curvatus, E. durans, Lac. lactis)。5.利用高通量的454焦磷酸测序技术分析了甘肃和四川有代表性的酸牦牛奶样本中微生物多样性。结果显示酸牦牛奶中包含了多种复杂微生物,根据16SrDNA序列比对后所有细菌被划分到Firmicutes (厚壁菌门)、Actinobacieria(放线菌门)、Bacteroidetesi.拟杆菌门),Deinococcus-Thermus (异常球菌-栖热菌门),Proteobacteria(变形菌门)和未知的Environmental_samples(环境样本)等6门37属；Firmicutes的乳酸菌(Lactobacillus, Streptococcus, Lactococcus, Leuconosioc)在酸牦牛奶样本中占比例最高；且甘肃和四川地区牦牛奶样本中细菌主成分具有明显的地域差异。这些大量的数据让我们对酸牦牛奶中微生物的菌群结构有了全新的认识。6.纯培养方法与宏基因组学方法均证实传统发酵牦牛奶制品中微生物种类丰富多样,而且乳酸菌是优势菌,其中乳杆菌最多。所采用的三种分析多样性的方法各具优势,纯培养方法只能分析到可培养菌,优点是获得的纯培养菌株：可以用于下步发酵剂的筛选；PCR-DGGE和焦磷酸测序技术都能基于宏基因组学水平揭示菌群结构的。DGGE直观快速地反映出样品中优势菌群的构成；通过最新的焦磷酸测序技术得到的OUT数比PCR-DGGE多,更全面的反映出菌群的组成和丰度。本文系统地研究了中国甘肃和四川地区牦牛奶及各种传统发酵牦牛奶制品中乳酸菌的组成,这为益生菌和发酵剂的筛选提供了宝贵的资源,同时为工业化生产传统发酵乳制品的发酵剂的设计提供了基础数据。