中草药粗提物的结构多样化、生物活性机制的特殊性等众多优势,使得基于中草药的药物发现以及其他相关技术在靶蛋白和小分子相互作用的鉴定和分析中扮演着重要的角色。鉴于亲和质谱技术灵敏度高、通量高、方法普适性高等优点,我们发展了一套基于中草药粗提物为筛选体系的亲和质谱技术。实验中所设计的流程非常适合耐受性强的靶标,并且使整个筛药过程更加的灵活和便利。2014年爆发的规模最大、最严重的埃博拉疫情加迫了挖掘新的抗病毒药物的重要性。埃博拉病毒和马尔堡病毒的RNA基因组均编码7种结构蛋白,其中核蛋白在病毒基因组的复制和核衣壳的形成发挥重要作用,成为十分有吸引力抗病毒药物的潜在靶标蛋白。实验利用亲和质谱技术从甘草提取物中筛选埃博拉核蛋白和马尔堡核蛋白的小分子配体。首先从甘草粗提物中发现两种可能结合核蛋白的配体甘草查尔酮A和18β-甘草次酸。在此基础上,利用甘草中坚定得到的已知组分组成的单体混合物验证了粗提物的筛选结果,而后评价特定的甘草单体与两种核蛋白的结合作用,接着利用SPR技术评价小分子配体与核蛋白的结合强度,结果与亲和质谱技术的单点评估法一致。然后利用FTS技术证明18β-甘草次酸可以显著降低埃博拉核蛋白的热稳定性,最后利用SEC-MALS-RI联用技术评价了亲和质谱技术筛选出的两种甘草单体对马尔堡核蛋白构象的影响,值得注意的是,这两种单体对靶蛋白均产生不同程度的影响。实验发展的亲和质谱技术为从中草药提取物中直接筛选新型抗病毒药物分子提供了简便高效的新方法。