本文介绍了我们建立的一套共聚焦显微图像计算机辅助分析系统（CMIAS-Confocal Microscopic Image Compute-aided Analysis System）。该系统包括了激光扫描共聚焦显微镜和计算机辅助分析系统，实现了从共聚焦显微图像的获得、预处理到特征参数测量、结果分析和三维可视化等一系列功能。 系统针对共聚焦显微图像的特点，重点建立了一系列适合医学研究的图像处理方法作为CMIAS系统的重要组成部分。这些方法包括图像增强、断层图像空间插值、断层序列图像分割（聚类法、阈值法、区域生长法）等方法。 我们将CMIAS系统成功地应用于“神经细胞胞内一氧化氮释放的空间定量研究”和“神经细胞胞内钙离子空间分布的研究”，为医学研究提供方便可靠的工具。