蓝舌病毒(Bluetongue virus,BTV)属于呼肠孤病毒科(Reoviridae Family)的环状病毒属(Orbivirus genus),是一种呈二十面体的双链RNA病毒;蓝舌病毒以库蠓作为媒介来感染哺乳动物,并伴随有一系列临床病征。尽管基因组分析发展迅猛,但是病毒与宿主的相互作用仍然还是未解之谜,譬如,病毒在不同宿主中的适应性如何?病毒如何逃逸宿主的免疫机制?本研究采用99株来自不同地域的蓝舌病毒毒株,通过计算VP2基因的相关密码子使用参数,结合多元统计方法,对蓝舌病毒VP2基因的密码子偏好性的进化进行研究。通过核苷酸成分以及相对同义密码子使用性分析表明,蓝舌病毒VP2基因偏好使用A/U结尾的密码子。此外,宿主对于病毒密码子使用模式产生的选择压力要大于媒介对其的选择压力且病毒和宿主之间密码子使用模式较媒介更为相近。有效密码子使用数(the effective number of codons,ENC)结果显示,就整体而言,病毒密码子使用模式存在一定偏好性;研究结果也证实了病毒密码子使用模式的进化主要受到自然选择压力的影响,突变压力与地域等因素对其影响较小。本研究首次对于蓝舌病毒VP2基因的密码子使用模式进行分析,其研究结果有利于进一步对于病毒进化以及其在宿主中的适应性分析提供理论依据。系统发生生物地理学(phylogeography)可以从系统发育角度来研究物种间或物种内基因系谱形成现有地理格局的原理及其历史演化过程。通过结合基因组信息与空间时间信息,来探究生物在时间和空间分布中的起源、阐述演化历程、重塑生物进化历史。目前,国内外已有很多研究应用系统发生生物地理学研究病毒遗传进化,因此,系统发生生物地理学必将成为今后病原菌遗传学分析的一个趋势。本研究利用贝叶斯系统发生生物地理学对366株蓝舌病毒VP2基因在2000-2016年间的演化历程进行初步推敲,发现随着时间推移,不同时间段会爆发不同种血清型的蓝舌病毒,BTV1作为蓝舌病毒的主要血清型,在进化历程中并没有被完全清除,而且在21世纪以来反复爆发。结果暗示BTV1可能为大部分新型血清型的产生提供可能。此外,通过贝叶斯建树发现,欧洲可能是蓝舌病毒自21世纪以来广泛流行并传播的根源。除了欧洲国家以外,位于北美洲的美国与位于亚州南部的印度在蓝舌病毒的传播网络种也起到重要作用。本研究结果为蓝舌病毒演化过程的研究奠定了理论基础,也为病毒的防治以及疫苗的研发提供了理论依据。