中国作为传统农业大国，以“精耕细作”为代表的传统农业仍然占我国农业的大部分。传统农业虽然有数千年的成熟经验，但生产规模较小，经营管理和生产技术仍较落后，抗御自然灾害能力差，农业生态系统功效低，商品经济较薄弱，无法适应当前的市场经济。现代农业通过不断投入新的技术，提高单位农产品产量、提高农产品质量、节约能耗和改善生态环境，并让农户广泛地参与到专业化生产和社会化分工中，使分散的农户经济向合作化、产业化方向转化。现代农业是实现农业稳步增长，解决三农问题的根本出路。农业上市公司作为我国先进农业生产力的代表，其诞生和发展，对于调整我国农业结构，促进农业的产业化经营，提高农业经营效益，提升农业国际竞争力，加快农业现代化有着重要的意义。本文研究了数据包络分析（DEA）方法的一般性理论及其在农业上市公司综合效率评价中的应用；探讨了农业上市公司综合效率评价的方法，采用静态与动态两种分析方法；根据指标体系构建原则和要求与DEA评价方法构建了农业上市公司技术效率评价的输入输出指标体系；最后对我国农业上市公司综合效率的现状进行了评价。在分析了国内外效率评价研究现状的基础上，本文采用对比研究和理论与实践相结合的方法，运用DEA模型，对我国农业上市公司效率评价问题进行了较系统的分析。基于数据结果分析，论文在最后对改进农业上市公司综合效率提出了一些相关建议：控制负债水平以优化资本结构；加大融资力度以扩大规模；加强技术创新以提高产品竞争优势；制定适当的发展规划；为农业上市公司做产业引导；加强基础建设、为农业上市公司做好铺垫；加大扶持力度，扶植龙头企业。