在“双一流”建设的浪潮下,学科竞争力评价结果已成为各级教育主管部门或高校进行资源分配的重要参考依据,学科学术竞争力是体现学科竞争力的核心指标,WoS、Scopus两大期刊索引数据库已成为评价学科学术竞争力的主要依据。本研究从学科分类的视角出发,在进行不同学科分类体系间差异性比较方法研究的基础上,开发了分类体系差异性测度软件工具,测度了 WoS和Scopus两大数据库学科分类体系的差异,以10所著名高校为样本验证了学科分类体系差异对学科学术竞争力评价结果的影响。研究发现:1)WoS与Scopus学科分类体系结构相似,二者都存在同一层级类目概念范畴宽窄不均衡、边界模糊不清、类目下覆盖期刊种类差异较大的现象。尤其是Scopus中平均类目下覆盖的多学科期刊数量占比高达70%,在学术成果评价中势必造成一篇论文在多个学科中被重复计数。2)如果为每个学科选择另一系统中相似度值最高的学科作为匹配学科,通过对两大数据库学科分类体系中“学科”层级类目间“学科对”的相似性计算,匹配“学科对”可以分成“高度相似”、“中度相似”和“低度相似”三组。实证结果表明:两大数据库学科分类差异直接影响了学科学术竞争力的评价结果。其中,6组高度相似“学科对”的评价结果基本相同,即基于两个数据库的评价结果具有一致性;15组中度相似“学科对”中,数学、材料科学等学科边界清晰“学科对”评价结果无显著差异,工程学、社会科学等学科范畴过大、交叉性强的“学科对”评价结果差异较为显著;8组低度相似“学科对”之间覆盖期刊数量悬殊、相似度值极低,不具备可比性。本研究结果表明:任何一种学科学术竞争力评价结果都受到学科分类体系的影响,不同学科排行榜评价依据的基础数据与评价指标一样也是影响评价结果的重要因素。虽然每个机构产出的学术成果是客观不变的,由于不同数据库收录文献的差异以及对文献数据分类整理方法的差异,导致评价结果不同。因此,需要正确理解和看待各种第三方学科学术竞争力评价结果。本研究不仅在学术层面对学科学术竞争力评价中如何选择数据库提供了重要参考依据,而且为公众认识层面对如何正确理解全球著名学科排行榜的评价结果提供了实证依据。