随着孵化活动蓬勃发展，各地区逐步形成具有资源链接、资源集聚、资源配置等多种功能的孵化网络。然而，孵化主体协同发展程度不高、知识资源转移效率有待提升等问题突出，直接影响着孵化生态环境的改善优化。本文从知识转移视角提出厘清多层孵化网络协同演化内在机理的研究问题，通过构建多层超网络模型深入探讨了在孵企业网络、孵化器孵化服务网络、孵化器关联企业协同创新网络、孵化器区域性联盟网络不同层次的协同演化，并基于T孵化器超网络实证分析了整个孵化网络系统及各层次之间的协同演化。论文创新点主要如下：
　　(1)针对在孵企业周期性进入退出导致在孵企业网络动态演化问题，构建包括在孵企业、知识点的双层超网络模型，提出孵化器隶属型分层知识网络生成算法，对在孵企业知识转移双边互惠条件下非线性知识创造机制和相似知识结构偏好连接机制进行多主体建模，利用最大连通子图尺寸与网络全局效率分析在孵企业网络鲁棒性。不同类型孵化器中在孵企业网络演化出差异性特征，节点度攻击、高知识量攻击、随机攻击、低知识量攻击对在孵企业网络损毁程度依次递减。
　　(2)考虑孵化器多元知识服务模式对在孵企业知识增长的不同影响，构建包括孵化器、在孵企业、知识点的三层超网络模型，基于孵化器知识点有向连接拓扑结构与在孵企业知识需求渐进性特征，对孵化器知识转移服务、知识结网服务、知识组合服务的微观交互机制进行多主体建模，仿真模拟孵化器不同知识服务模式下在孵企业知识涌现规律。孵化器以追求在孵企业知识复合增长率为目标的最优知识服务决策依赖于知识结网服务与知识转移服务投入的比值。
　　(3)针对不确定性网络环境下孵化器关联企业合作创新与独立创新的演化问题，构建孵化器关联企业合作网络动态演化、知识网络持续增长的双层动态知识超网络模型，对孵化器关联企业有限资源条件和孵化器不同参与程度下的知识创新过程进行多主体建模，借助电源技术专利数据检验模型合理性。网络密度、网络动态性、孵化器努力投入补贴等参数对协同创新绩效产生了非线性影响。
　　(4)针对孵化器联盟网络知识转移机会主义行为约束机制设计问题，构建孵化器联盟网络满足周期性边界条件的空间公共品博弈模型，基于孵化器知识共享与合作孵化行为演化动力对联合惩罚机制进行建模，仿真分析孵化器策略空间分布特性和稳定状态下相图临界值曲线，以及公共品回报乘数、合作孵化乘数不同取值时孵化器联盟网络稳定状态。提高孵化器知识共享与合作孵化协同效应、建立惩罚价格低于阈值水平的联合惩罚机制能有效增强孵化器联盟网络稳定性。