R&D活动是经济增长的引擎之一,是企业生存与发展的动力与源泉，是企业自主创新能力的根本要素，企业只有通过研发，才可能在吸收先进科学成果的基础上把科学技术知识转化为新的产品和工艺。财务是R&D的基础和保障。但现行的财务管理模式是建立在传统工业企业基础上的，以货币、实物等物质资本的筹集、运用为核心内容，这种财务管理模式不能满足企业具有高投入、高风险的R&D对财务管理的新需求。　　 论文站在自主创新的高度，将自主创新理论引入R&D管理理论，从系统观的角度审视研究R&D财务控制，认为R&D财务控制是一个包括事前控制——R&D资金预算、事中控制——R&D资金分配与控制和事后控制——R&D绩效评价在内的一个控制系统，从而丰富了R&D财务管理理论系统，并以恒瑞医药为案例对改进的“拉开档次”综合评价法在R&D绩效评价中的应用加以讨论。论文研究成果以期能对企业自主创新中的R&D过程的财务控制和管理方法提供有意义的参考。　　 第一，R&D项目的资金预算和整个R&D过程的资金分配控制对研发经济效益的提高具有重大的影响。由于研发人员和财务人员、管理人员信息的不对称，不能使用单一的自上而下或者自下而上的预算方法，而只能是前述二者的有效结合，即协调预算。　　 第二，在对R&D资金控制过程中，应着重注意：资金控制是贯穿R&D活动的全过程控制，并且信息与交流是R&D资金控制的关键环节；要运用反馈机制来进行R&D资金控制。　　 第三，对R&D绩效评价应当以客观定量评价为主。文章将“拉开档次”综合评价法应用于R&D绩效评价中，并用Matlab 6.5软件得出计算综合评价值的权重系数，克服了专家调查法等主观赋值法的固有缺陷。