真菌病的诊断和治疗一直是临床工作中非常棘手的问题。随着真菌病发病率的快速上升，对致病真菌及真菌病的研究空前活跃。现代分子生物学技术的进步，促进了这一领域的研究向更深更广发展。本文应用分子克隆技术，脉冲场凝胶电泳技术和分子杂交技术等现代分子生物学手段。对深部致病真菌马内菲青霉菌及白念珠菌进行了一系列分子遗传学研究。 1．构建了马内菲青霉菌总DNA基因文库并从中筛选获得了3个大小分别是5kb，1kb，0.6kb的马内菲青霉菌种特异DNA探针。 2．建立了丝状真菌染色体组型的脉冲电泳分析方法，对大于3Mb的染色体进行分离时，采用了有别于传统方法的脉冲电泳参数设定原则进行参数选择，获得成功。为高效，快速地进行脉冲电泳分析积累了新的经验。 3．建立了适用于马内菲青霉菌染色体组型脉冲电泳分析的电泳条件，获得了马内菲青霉菌基因组结构的基本数据资料，即由3条大小分别是4.6Mb，3.5Mb和1.0Mb的染色体组成。 4．分析了部分流行于我国的白念珠菌Ca3图谱。对于现有Ca3图谱的分析方法进行了讨论，并提出我们的修改方案。依据我们的分析方法所得结果，我们发现引起不同部位感染的菌株似有遗传学上的分离趋势。 5．建立了一种快速，简便，适用性广的真菌总DNA提取方法。