水稻纹枯病是水稻上的世界性三大病害之一,广泛分布于世界各产稻区。其病原菌为立枯丝核菌,属半知菌类丝核菌属。该菌属寄主范围极广,适应力强,因此防治相当困难。目前该病已成为限制水稻高产和稳产的主要障碍之一。病原菌的遗传多样性和变异性使得该病害的防治更为困难。为了解近年来江苏省水稻纹枯病病原菌的变化情况,本研究采集分离86株水稻纹枯病菌,进行传统形态学研究与遗传多态性分析,试图寻找菌株DNA多态性与菌株生长速率和致病力之间的关系,并了解不同地理来源的菌株亲缘关系的遗传结构及致病力分化情况。本研究在2009-2010两年的6-10月间从江苏省6县市(即6个生态区)采集的病样共分离得到了80株水稻纹枯菌株,及福建省厦门市田间采集的病株分离得到6株菌株,加上本实验室保存的水稻纹枯病菌Rh-2,共计87株菌株。分别对这87株菌株进行了菌丝细胞核数目观测、融合群鉴定和形态学分类。从病原菌的生物学特性的几方面比较了87株水稻纹枯菌的差异,结果表明,不同菌株在其生长速率、菌落形态、气生菌丝以及菌核量等生物学特性上均存在一定的差异。室内离体接种法(分别接种蚕豆叶片,水稻叶片和叶鞘三种离体材料)测定87株菌株的致病力,结果发现,4株菌株致病力弱,对水稻叶鞘未检测到致病力；其余菌株对离体材料均表现出较强致病力。同时发现,相同菌株分别接种三种不同室内离体材料,其致病力鉴定结果差异不大。温室盆栽嵌入接种法结果显示,各菌株间致病力差异显著。除了4个菌株对活体水稻无致病力以外,其余83个菌株均能侵染水稻症状,其中2株菌株的致病力最强,菌株间存在明显的致病力分化。将87株菌株分别接种6个水稻品种。结果表明,不同水稻品种间不同菌株致病力差异显著且存在互作分化。最后,本研究同时采用ISSR与RAPD两种分子标记技术分析了水稻纹枯菌遗传变异及遗传分化,利用分子标记揭示的遗传相似系数对7个地理种群(江苏省6县市及福建省厦门市)的菌株扩增出的多态性条带构建个体间遗传关系UPGMA聚类树状图,进行聚类分析。结果显示,以相似系数约0.70为标准,可把87个水稻纹枯菌菌株为7个遗传聚类群,来源于同一地区的菌株相似性较高,基本各自可归为一类。表明,ISSR扩增片段类型与菌株的地理来源有一定的相关性。通过对ISSR和RAPD两种分子标记聚类分析结果的相关性分析,得到相似系数0.769,即两者结果显著正相关,表明其一致性,两种分子标记方法均适合于水稻纹枯病菌遗传多样性分析。将7个地理种群构成的ISSR表型数据矩阵输入PopGene软件进行分析,统计各种遗传多样性参数,结果表明：种群具有较高的遗传多样性和基因分化程度,相同地理来源的菌株具有更近的亲缘关系,同时种群间存在一定的基因流动,即种群间具有较高的基因多样度。通过对87株菌株的生长速率和致病力的相关性分析,相关系数为0.507,二者存在中等强度的正相关性,即生长速率快的菌株一般致病力较强。从聚类分析结果及致病力鉴定结果看,菌株的致病力差异与菌株来源、DNA条带的多态性与遗传聚类群的划分并无明显相关。