论文部分内容阅读
目的将质粒电泳检测不到pMT1质粒而F1抗原阳性的两株鼠疫菌进行基因组测序及生物信息学分析,明确其pMT1质粒序列是否整合至染色体,整合位置和可能的整合机制,以及整合对F1抗原表达和生化特性是否有影响。方法通过提取鼠疫O-1和ST菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及其圈图;通过与参考菌株基因组序列比较来描述基因组一般特征;通过序列比对(Blast/Mauve)确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点;最后进行F1抗原检测和生化测定。结果O-1菌株基因组包括一个环状染色体(4.79Mb),两个环状质粒(70.3Kb,9.6Kb);O-1菌株染色体基因数目较CO92菌株多,染色体的插入序列(尤其是IS100和IS1541)较CO92菌株多;O-1菌株质粒(p CD1和p PCP1)与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列:2个IS100,2个IS1541A,1个IS285;pMT1序列的插入位点处于O-1染色体的非编码区,对插入点附近基因未造成影响。ST菌株基因组包括一个染色体(4.67Mb),两个质粒(70.3Kb,9.6Kb);ST菌株染色体基因数目较CO92菌株多,染色体的插入序列(尤其是IS1541)较CO92菌株多;ST菌株质粒(p CD1和p PCP1)与CO92菌株很相似,但ST菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于ST菌株染色体中,从960704至1058866的位置,序列长度为98163bp;且整合位点被PCR扩增证实;ST菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列:3个IS100,1个IS1541A,1个IS285;pMT1序列的插入位点处于ST染色体的非编码区,对插入点附近基因未造成影响。7株菌株染色体插入序列数总体比较,差异无统计学意义(c2=13.227,P=0.778)。4株菌株F1抗原检测平均阳性滴度值经单因素方差分析差异有统计学意义(F=6.698,P<0.05)。分别两两比较结果ST,O-1,1409分别与EV76菌株的平均阳性滴度值差异有统计学意义(P<0.05),其余菌株间的平均阳性滴度值差异均无统计学意义(P=1.000)。生化鉴定结果O-1和ST菌株可以分解麦芽糖和阿拉伯糖,不分解甘油、蜜二糖、鼠李糖,可以还原硝酸盐生成亚硝酸盐,可以通过氧化过程形成硝酸,甲基红试验阳性,VP试验阴性,H2S试验阳性,毒力因子之一P因子试验阴性;苯丙氨酸依赖。结论本研究确定O-1和ST菌株的pMT1质粒整合至染色体,而且是完整序列整合。O-1和ST菌株染色体特征与CO92有差异,且插入序列偏多。IS1541A和IS100介导的同源重组可能是pMT1质粒整合至染色体的原因。且整合对附近基因未造成影响;整合对F1抗原表达和生化特性基本没有影响。