改革开放以来，我国社会经济取得了全面发展，在行政法领域出现了许多新制度，区域间行政协定即是我国在经济社会发展中为弥补区域间发展差距，减少行政壁垒，实现经济要素跨区域流动而设立的制度，在处理跨区域事物中发挥了重要作用，然而在我国现行法律法规中还没有对区域间行政协定作出专门规定，实践中对于区域间行政协定的法律适用大多套用其他法律法规。学者在该领域的研究主要是在概念的提出，在具体的制度构建方面的研究较为笼统，缺乏深入细致的研究。本研究以区域间行政协定运行中的重要一环-纠纷解决制度为着手之处，利用文献研究法以及比较研究法，对区域间行政协定纠纷解决制度进行了较为全面系统的探讨。本文主要分为以下几个部分：第一部分，我国区域间行政协定纠纷解决制度基本理论，首先介绍了区域间行政协定的涵义、特征与意义，分析了区域间行政协定的概念，区域间行政协定产生的现实背景，以及在区域经济一体化中的作用。其次介绍了区域间行政协定纠纷解决制度，着重分析了区域间行政协定纠纷的主要表现形式及责任性质。最后介绍了区域间行政纠纷解决制度的国内外现状，以及该项制度的完善。第二部分，我国区域间行政协定纠纷行政解决机制，该部分首先介绍了目前我国区域间行政协定纠纷解决制度的现状，行政解决机制虽然效率高，但程序的不公开也是其明显的缺陷。其次立足于我国现状，提出了对行政解决机制的完善措施。第三部分，我国区域间行政协定纠纷司法解决机制的构想，司法机制可以很好的弥补行政解决机制的弊端，让公正得以看得见的方式实现，在这方面欧美等国家已经有许多成功的经验可以借鉴，从目前的趋势看，行政机关之间的纠纷通过司法途径解决已是大势所趋。在具体的制度设计方面主要从主管法院、受理条件、起诉主体等方面进行构建。第四部分，我国区域间行政协定纠纷仲裁解决机制的构想，该部分主要介绍了美国在处理州际协定纠纷方面的做法，以仲裁方式解决行政机关之间的纠纷具有简捷高效等优势，是对行政解决机制和司法解决机制很好的补充，对构建我国行政协定纠纷解决机制有一定的借鉴意义。