流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis，JE)又称日本脑炎，简称乙脑，是由乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus，JEV）引起的一种急性人兽共患传染病。JEV属于黄病毒科(Flaviridae)黄病毒属(Flavivirus)，为单股正链RNA病毒。本研究根据已发表的JEV减毒株SA14-14-2全基因序列设计合成5对引物，扩增出覆盖JEV仝基因的5个片段，并成功克隆至pEASY-Blunt载体上，经测序拼接获得JEV全基因组序列。结果表明，JEV全基因组长10977 bp，除5端95个核苷酸和3端385个核苷酸为非编码区以外，其余10296个核苷酸编码一个丌放阅读框(ORF)，依次编码以下蛋白:C、PrM、E三个结构蛋白和NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B、NS5七个非结构蛋白。将此全序列与已发表的SA14源毒株核苷酸及氨基酸序列进行比较分析，其同源性均为99％以上。并发现10701位有碱基G的插入，多数其他已发表的序列均有此情况发生，这可能是传代过程中为适应环境而引起的自然突变。测定SA14-14-2株全基因序列，不仅为开展基因工程疫苗研究奠定基础，为应用于生产的减毒活疫苗的质控提供了宝贵的材料，也为进一步构建感染性克隆奠定工作基础。　　纳米PCR技术是一种新型的PCR技术，其原理是把粒径为1 nm～100nm的固相纳米金属颗粒悬浮在液体中形成纳米流体。JEV的E基因编码JEV的囊膜糖蛋白(envelope glycoprotein)，E蛋白是病毒颗粒表面最重要的成分，有多个抗原表位，在病毒入侵宿主中起到重要作用。本研究根据JEV E基因的保守区域设计一对扩增270 bp片段的特异性检测引物，将纳米金颗粒添加到PCR反应体系中，同时优化反应条件，首次建立了高效、灵敏的纳米PCR检测方法。采用该方法灵敏度可达1.96×102 copies，普通PCR方法仅为1.96×104 copies，且与其他病毒没有交叉感染。由丁纳米材料具有良好的热传导性，因此在添加了纳米金颗粒的PCR循环体系中，PCR反应会更快地达到目标温度，减少了在非目标温度的停留时间，进而缩短整个体系达到温度平衡所用的时问，减少非特性扩增，提高特异性扩增产量。通过试验研究表明，该纳米PCR检测方法不仅特异性好，而且其敏感性是普通PCR检测方法的100倍。果用纳米PCR方法和普通PCR方法对临床送检的32份样品进行检测，检测结果纳米PCR检出2份阳性样品，普通PCR检测均为阳性。研究表明，该检测方法不仅为JEV的检测提供一个新的技术，同时对其早期检测和预防奠定基础。