论文部分内容阅读
研究内容:本研究分为两个部分:1.基于TCGA和GEO数据库的结肠腺癌中NKG2DL基因的生物信息挖掘和潜在诊断和预后价值的探索;2.结肠腺癌细胞和组织中ULBP2表达水平的验证及诊断和预后价值分析。目的:本研究是旨在挖掘NKG2DL家族基因生物信息学资源并探讨结肠腺癌（COAD）患者中NKG2DL家族基因mRNA表达水平的诊断和预后价值。材料和方法:我们从TCGA数据库和UCSC数据平台下载了与COAD相关的NKG2DL基因mRNA表达数据集和相一致的临床参数资料。运用生物信息技术对NKG2DL家族基因进行生物富集功能与途径分析及对NKG2DL家族基因进行相关性分析。然后我们分析和比较NKG2DL家族基因在COAD肿瘤组织和癌旁正常结肠组织中的表达差异,并且对其进行诊断价值的探讨。此外我们分析NKG2DL家族基因在COAD的预后价值,并且从GEO数据库下载与结肠癌（CC）相关的NKG2DL家族基因表达谱和临床数据对NKG2DL家族基因在CC中预后价值进行验证。最后我们对在COAD和CC中有预后价值的NKG2DL家族基因进行综合性预后价值分析。结果:生物富集功能和途径分析结果表明,NKG2DL家族基因可能参与了自然杀伤细胞介导的细胞毒性的过程和途径。皮尔森相关分析结果发现MICA与MICB,ULBP2与ULBP3,ULBP2与RAET1L,ULBP3与RAET1L,RAET1E与RAET1G及RAET1G与RAET1L之间存在一定相关关系,而且分析NKG2DL家族基因在基因-基因和蛋白-蛋白之间的关系时发现MIC家族成员之间及ULBP家族成员之间存在一定的同源及共表达关系。NKG2DL家族基因在COAD中差异表达结果显示ULBP1,ULBP2,ULBP3及RAET1L在COAD肿瘤组织及癌旁正常结肠组织有显著性差异性表达,并且它们在COAD肿瘤组织中的表达显著性高于癌旁正常结肠组织（P0.7,且P0.9,且P<0.0001）。最后,在COAD中NKG2DL家族基因的潜在预后价值的分析表明,ULBP2基因的表达与COAD RFS[校正P=0.007,HR（95%CI）=2.940（1.349-6.405）]和OS[校正P=0.003,HR（95%CI）=3.199（1.479-6.922）]相关,而ULBP2基因在COAD中的高表达预示着较短的RFS和OS,预后较差,反之则预后较好;我们从GEO数据库下载并分析的结果表明,ULBP2基因与CC RFS[校正P=0.036,HR（95%CI）=1.423（1.024-1.979）]和OS[校正P=0.005,HR（95%CI）=1.563（1.146-2.130）]相关,COAD中ULBP2基因的低表达预示了更长的RFS和OS,预后更好,反之则预后更差。当我们对ULBP2基因对COAD和CC进行综合性预后分析结果发现ULBP2基因的表达量越高,RFS和OS预后风险评分越高,死亡率越大。结论:NKG2DL家族基因中ULBP1,ULBP2,ULBP3和RAET1L的mRNA表达可能是COAD潜在的诊断学生物标志物。单因素和多因素COX生存分析及综合性预后分析结果表明,ULBP2基因对COAD RFS及OS具有预后价值,特别的ULBP2基因可以作为COAD的独立诊断和预后分子生物学标志物。目的:本研究是对于ULBP2在结肠腺癌细胞和组织中的表达水平的进行验证以及诊断和预后价值分析。材料和方法:首先我们在人结肠腺癌细胞系（RKO,HCT116及SW620）和正常结肠细胞系（NCM460）进行RT-qPCR及Western blotting技术检测ULBP2基因的表达水平。其次我们从广西医科大学附属第一医院收集40例COAD患者的肿瘤组织和癌旁正常结肠组织进行RT-qPCR检测,分析ULBP2基因在COAD肿瘤组织及癌旁组织中的表达水平及诊断价值。最后,我们从广西医科大学第一附属医院收集了161例手术切除的癌组织蜡块和34例正常邻近结肠组织蜡块进行免疫组织化学染色和评分,并分析了ULBP2蛋白表达对COAD的诊断和预后价值。结果:首先对人结肠腺癌细胞系（RKO,HCT116及SW620）和正常结肠细胞系（NCM460细胞）进行RT-qPCR及Western blotting技术检测结果显示ULBP2基因及蛋白在RKO,HCT116及SW620细胞中的表达量显著性高于NCM460细胞（P<0.0001）。然后COAD肿瘤组织和癌旁正常结肠组织的RT-qPCR检测及免疫组化染色结果均显示ULBP2在COAD肿瘤组织中的表达结果均显著性高于癌旁正常结肠组织（P0.7）。最后我们对ULBP2在COAD中免疫组化染色结果进行预后价值分析,单因素生存分析结果显示ULBP2表达阴性的COAD患者的比ULBP2表达阳性的COAD患者的总生存时间（OS）和无复发生存时间（RFS）更长,预后更好;多因素COX回归分析结果显示ULBP2蛋白表达与COAD患者OS[校正P=0.047,校正HR（95%CI）=2.009（1.009-4.001）]和RFS[校正P=0.032,校正HR（95%CI）=9.521（1.217-74.469）]有关。分层分析结果显示在年轻患者（年龄≤65岁）,TNM分期Ⅲ期,溃疡型COAD,肿瘤直径（≥5cm）,非根治性手术切除,无肿瘤转移和术后辅助化疗的患者中,ULBP2蛋白表达阳性增加了COAD患者死亡风险,总生存时间更短;而在年轻患者（年龄≤65岁）,TNM分期Ⅲ期,溃疡型COAD分型,伴有肿瘤血栓,非根治性手术切除,无肿瘤转移和术后辅助化疗的患者中,ULBP2蛋白表达阴性降低了COAD患者死亡风险,无复发生存时间更长。结论:在细胞系验证中发现,相比于NCM460正常结肠细胞,ULBP2基因和蛋白在肠癌细胞系（RKO,HCT116及SW620）中表达更高。而在组织验证中发现,ULBP2在结肠腺癌肿瘤组织的表达高于癌旁正常结肠组织,并且ULBP2对于结肠腺癌有一定的诊断和预后价值。ULBP2可能是结肠腺癌的一个独立的诊断和预后生物学标志物,但是未来仍需要进一步的研究证实。