脂肪组织和肌肉组织是猪重要的经济性状的研究对象,也是分子育种的重要研究热点。脂肪在动物体全身广泛存在,是储存能量和进行脂肪代谢的主要场所,同时也是人体最大的免疫器官；肌肉组织是身体重要的器官,在身体代谢及免疫方面起着重要的作用,同时,骨骼肌的收缩和舒张是身体运动的主要原因,在当代猪育种方面也是重要的考虑因素之一。猪作为最早被人类驯化的动物之一,驯化前后在形态学、行为学、代谢学等方面都表现出极大的不同,以猪为动物模型研究人的进化及生理病理状态也是很好的途径。家猪的脂肪组织和肌肉组织已被多方面研究,而对于野猪的研究较少,本研究利用RNA-seq(转录组测序)技术分别对3头荣昌猪和3头亚洲野猪(均为雌性)的皮下脂肪组织和背最长肌进行转录组测序,并结合生物信息学的基础对所测数据进行挖掘,对各个测序文库中的]mRNA转录本进行了筛分鉴定和深度分析,研究结果如下：(1)通过建库测序,荣昌猪和亚洲野猪的脂肪组织和肌肉组织总的12个RNA测序文库一共获得约574M (million)原始读段(raw reads),其中平均每个文库获得47.8±4.57M的raw reads原始数据,分析发现约有94.37%的raw reads达到质控标准并被保留下来作为高质量读段(clean reads),并且绝大部分(75.25%-80.38%)的clean reads可以比对到猪参考基因组(UCSC, Sscrofal0.2)。(2)与此同时,在12个文库中共鉴定了19,021个可靠的mRNA转录本,在荣昌猪和野猪的脂肪组织中发现共表达mRNA有17,084,荣昌猪和野猪的肌肉组织有16,187个,荣昌猪的脂肪组织和肌肉组织16,396个、野猪的脂肪组织和肌肉组织有16,486个,而具有组织特异性的mRNA在541到1,476之间。(3)进一步分析,发现荣昌猪和亚洲野猪在脂肪组织中共有1,235个差异表达的mRNA,在肌肉组织中则有361个差异表达的mRNA,其中分别有552和137个在荣昌猪中高表达,而有683和224个在亚洲野猪中高表达。在1,235个转录本中有1,016个是已知的转录本,219个新鉴定的转录本；在361个转录本中有257已知的转录本,84个新的转录本。(4)最后,对差异mRNA进行功能富集分析,发现荣昌猪的脂肪组织和亚洲野猪的脂肪组织之间差异表达:mRNA主要富集与免疫相关代谢、哮喘、肌原纤维形成、糖分解代谢等生物学过程。同时,荣昌猪的肌肉组织和亚洲野猪的肌肉组织之间的差异mRNA主要富集于甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、糖代谢、细胞骨架形成等生物学过程。以上反映了家猪在人类长期的驯养与选育过程中,其脂肪和肌肉组织mRNA表达谱的变化模式,间接暗示了相关基因在家猪驯养和选育过程中受到的选择压力。